More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3745 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  616  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.46 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  44.98 
 
 		 326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  36.15 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  40.82 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  37.37 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  31.05 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.65 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.32 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  32.95 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.2 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  33.2 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 342 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.09 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.72 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>