More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1043 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  614  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 304 aa  326  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  56.61 
 
 		 296 aa  316  4e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  56.95 
 
 		 296 aa  316  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  47.6 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 207 aa  228  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 199 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.46 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.07 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 300 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 283 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  27.55 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 299 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  29.75 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>