More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3576 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  578  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 294 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  38.16 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  35.34 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 296 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.78 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  35.66 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.61 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  26.61 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  34.57 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 291 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 315 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 323 aa  93.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>