More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3353 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  99.3 
 
 		 287 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  98.95 
 
 		 287 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  98.26 
 
 		 287 aa  583  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  98.95 
 
 		 287 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  74.22 
 
 		 288 aa  450  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  59.43 
 
 		 292 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  59.07 
 
 		 292 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 292 aa  331  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 		 288 aa  311  6.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  56.07 
 
 		 292 aa  310  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  55.71 
 
 		 297 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 284 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 284 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 294 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  48.95 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 294 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  47.57 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  48.03 
 
 		 283 aa  251  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  48.61 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  48.61 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.12 
 
 		 294 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  48.07 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 294 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 284 aa  244  9e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 294 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 294 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 295 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 295 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  37.34 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 326 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  34.71 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  34.02 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  30.93 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  118  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  31.06 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>