More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3798 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  596  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 292 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  32.91 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.1 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.46 
 
 		 287 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  29.83 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  26.99 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  30.28 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  28.47 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  25.17 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.17 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 287 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5458  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4866  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5404  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0109111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  27.73 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 306 aa  99  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  27.34 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>