More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5458 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_5458  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5404  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0109111 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4866  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 303 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  27.98 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  25.37 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003312  transcriptional regulators LysR family  26.25 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  24.91 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.45 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.73 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.73 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.73 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  37.61 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.04 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.73 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.11 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.08 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0808  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0336  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.75 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.94 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  30 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  35.06 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  23.11 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>