More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05259 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  620  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  30.74 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  28.22 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 322 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 295 aa  89  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 326 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  25.68 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  26.53 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4866  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.67 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5458  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003312  transcriptional regulators LysR family  22.9 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5404  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0109111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  24.72 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  24.33 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001477  transcriptional regulator  24.27 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223325  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  27.03 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  25.2 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  25 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  22.97 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>