More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1149 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  590  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 
292 aa  318  7e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 
292 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  54.38 
 
 
292 aa  309  4e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 
291 aa  287  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
295 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 
295 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  47.72 
 
 
315 aa  276  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 
295 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
295 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  46.49 
 
 
292 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  44.28 
 
 
290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
326 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  35.32 
 
 
292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
302 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
297 aa  175  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  33.83 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
304 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
301 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
304 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
294 aa  165  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 
297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
296 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
293 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
305 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 
298 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
313 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
300 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
297 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 
294 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  36.1 
 
 
294 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
301 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
296 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
297 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
290 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  28.67 
 
 
287 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
301 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
301 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
295 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
304 aa  132  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
288 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
295 aa  129  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
299 aa  129  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
283 aa  125  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  31.3 
 
 
301 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
284 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 
322 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  31.92 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 
292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
323 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 
297 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
299 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 
307 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 
307 aa  118  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
294 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  31.91 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  34.51 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.64 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
287 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
287 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 
322 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
294 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
294 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 
287 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
294 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>