More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05418 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  614  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001477  transcriptional regulator  91.78 
 
 		 292 aa  571  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223325  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0402  LysR family transcriptional regulator  72.95 
 
 		 292 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0779916  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1044  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.85 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0336  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  25.43 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 322 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 322 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 313 aa  89.4  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  24.51 
 
 		 315 aa  86.3  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  30.96 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  24.13 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  24.13 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  28.02 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  24.47 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  23.71 
 
 		 359 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.13 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>