More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0402 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0402  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0779916  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001477  transcriptional regulator  73.97 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223325  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  72.95 
 
 		 292 aa  464  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1044  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.2 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0336  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  27.56 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 291 aa  85.9  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  24.38 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 322 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  22.18 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  23.65 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 312 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  23.11 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.81 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  23.48 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  23.58 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  20.33 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>