More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0347 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  99.35 
 
 		 310 aa  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  99.03 
 
 		 310 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  99.35 
 
 		 310 aa  642    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 310 aa  642    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 310 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 310 aa  642    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  90.58 
 
 		 309 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000598647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  38.52 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.52 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  38.16 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0438  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.25 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0774203  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  37.37 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.64 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  34.4 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  34.4 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.17 
 
 		 329 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.93 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.23 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  30.18 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.47 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 315 aa  155  9e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  28.2 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  27.4 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  27.4 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 300 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 312 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.67 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>