More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1810 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  75.33 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.24 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.24 
 
 		 303 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.57 
 
 		 303 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.24 
 
 		 303 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.57 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.57 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.57 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  71.91 
 
 		 300 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  70.23 
 
 		 329 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  68.23 
 
 		 300 aa  454  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  67 
 
 		 300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.89 
 
 		 300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.89 
 
 		 300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.89 
 
 		 300 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  63.21 
 
 		 300 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  60.67 
 
 		 300 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  335  5e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  52 
 
 		 314 aa  334  9e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.83 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.83 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.83 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.83 
 
 		 310 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.49 
 
 		 310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.49 
 
 		 303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.16 
 
 		 310 aa  316  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.16 
 
 		 310 aa  316  3e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  48.16 
 
 		 310 aa  316  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.81 
 
 		 300 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  43.14 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.82 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  40.41 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  40.41 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.64 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000598647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  31.93 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  32.51 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  32.51 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.64 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  31.64 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.64 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.64 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.64 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.27 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  31.27 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  31.27 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.27 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.27 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.27 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.27 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 359 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>