More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00415 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  92.98 
 
 		 300 aa  584  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.27 
 
 		 302 aa  520  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 300 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.51 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.51 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.51 
 
 		 303 aa  335  5e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.18 
 
 		 300 aa  335  7e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.84 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.67 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 		 300 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.16 
 
 		 300 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.51 
 
 		 300 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  52.84 
 
 		 329 aa  331  1e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.33 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.5 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.67 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.81 
 
 		 300 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.49 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  45 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  45 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  45 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.67 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  41.33 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  262  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  35.4 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  35.4 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.77 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 300 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  32.64 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  29.68 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  30.04 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  32.89 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  32.89 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.47 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  31.47 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>