53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1180 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1180  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  159  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549703  normal  0.17392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  58.9 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  58.9 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  57.53 
 
 		 307 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 307 aa  71.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 307 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 301 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 304 aa  60.5  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 306 aa  57.4  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 299 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  45.21 
 
 		 296 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 296 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 306 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 299 aa  51.6  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 322 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 322 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 296 aa  44.3  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 299 aa  44.3  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 300 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 321 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  60.53 
 
 		 341 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 312 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 307 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  42.86 
 
 		 302 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 313 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 304 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.22 
 
 		 302 aa  40.8  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  40.4  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 304 aa  40.4  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>