More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02796 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 293 aa  330  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  54.08 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 293 aa  309  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 293 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 298 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 295 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  47.99 
 
 		 327 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 		 298 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 298 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 298 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 291 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 303 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 298 aa  272  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  49.15 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  48.66 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 297 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 298 aa  266  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 299 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 304 aa  251  7e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.22 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  44.22 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 300 aa  245  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  42.95 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  42.95 
 
 		 304 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  42.95 
 
 		 304 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  42.95 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  42.95 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 300 aa  235  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 314 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 314 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 313 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 315 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  47.4 
 
 		 343 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 295 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 303 aa  225  7e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  45.42 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  45.42 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  37.79 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  33.22 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 312 aa  181  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 312 aa  171  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  35.2 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>