More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2455 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  591  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  78.84 
 
 
293 aa  488  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  72.7 
 
 
293 aa  448  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  72.01 
 
 
293 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  52.36 
 
 
299 aa  306  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  51.19 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 
295 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
303 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
298 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
298 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
291 aa  289  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
298 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 
298 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
313 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 
298 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 
299 aa  278  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 
298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  48.45 
 
 
304 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 
300 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 
300 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 
298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  48.45 
 
 
304 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  48.45 
 
 
304 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
304 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 
304 aa  270  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  48.45 
 
 
304 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
304 aa  270  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  48.11 
 
 
304 aa  270  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 
304 aa  270  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
304 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 
304 aa  270  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 
304 aa  269  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  47.77 
 
 
304 aa  269  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  48.11 
 
 
304 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
300 aa  265  7e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
314 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
314 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
295 aa  262  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
315 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 
298 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
314 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
314 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 
298 aa  259  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  48.8 
 
 
343 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
300 aa  258  9e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
313 aa  258  9e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 
298 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 
298 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  46.62 
 
 
297 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
313 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 
298 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 
302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 
300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
300 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
300 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
300 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
295 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
300 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
303 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.78 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.78 
 
 
303 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
303 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  35.31 
 
 
286 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 
320 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 
300 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 
300 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
311 aa  191  9e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  37.63 
 
 
349 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  35.81 
 
 
300 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
349 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
320 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
320 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
296 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
320 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 
317 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
301 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
317 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
310 aa  188  8e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 
301 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
312 aa  185  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
301 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
320 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
301 aa  180  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
299 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
307 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
312 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
320 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
293 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
316 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.74 
 
 
302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>