More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0660 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  99.67 
 
 		 303 aa  609  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  99.34 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 298 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  65.88 
 
 		 298 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  65.53 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  64.85 
 
 		 298 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  67.12 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  66.44 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  65.19 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  63.48 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 295 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 297 aa  360  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 298 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 298 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  65.32 
 
 		 302 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  63.88 
 
 		 298 aa  352  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  61.03 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 300 aa  346  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 300 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 303 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  60.75 
 
 		 300 aa  335  7.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 300 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 		 300 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 295 aa  318  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 314 aa  318  7e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 314 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 314 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 313 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 315 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  59.39 
 
 		 343 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 308 aa  308  9e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 291 aa  306  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  296  2e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  43.88 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  44.56 
 
 		 304 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  45.08 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  44.56 
 
 		 304 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  44.22 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  44.22 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  44.86 
 
 		 293 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  43.54 
 
 		 304 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  40.64 
 
 		 286 aa  238  9e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  199  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 317 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  36 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 292 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>