More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5294 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  99.04 
 
 		 314 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  92.33 
 
 		 313 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  91.69 
 
 		 314 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  91.08 
 
 		 313 aa  534  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  91.69 
 
 		 314 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  90.76 
 
 		 315 aa  529  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  85.62 
 
 		 308 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  84.98 
 
 		 343 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  81.1 
 
 		 300 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  72.11 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  64.36 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  64.71 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  63.51 
 
 		 297 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  65.99 
 
 		 300 aa  363  3e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 295 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 298 aa  355  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  59.32 
 
 		 327 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 298 aa  351  1e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 302 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 299 aa  345  6e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  59.79 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 300 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 300 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  57.34 
 
 		 298 aa  339  5e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 297 aa  336  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  56.31 
 
 		 298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 303 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 298 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  60.9 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 298 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 298 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 313 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 298 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 298 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 303 aa  322  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  60.9 
 
 		 295 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  61.51 
 
 		 303 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  61.51 
 
 		 303 aa  318  6e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 300 aa  295  5e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  46.67 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  50 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 304 aa  289  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  289  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 293 aa  289  4e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  46.33 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  46.33 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 295 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  47.33 
 
 		 304 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  47.33 
 
 		 304 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  47.33 
 
 		 304 aa  285  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  47.33 
 
 		 304 aa  285  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  47.33 
 
 		 304 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  47.06 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  42.96 
 
 		 286 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 310 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1765  LysR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 186 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 320 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.97 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>