More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3897 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  597  1e-170  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  63.97 
 
 		 297 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 300 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  65.99 
 
 		 343 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  62.24 
 
 		 298 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  65.31 
 
 		 313 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  62.59 
 
 		 298 aa  361  7.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 314 aa  361  9e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 314 aa  360  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  65.54 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 300 aa  358  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 315 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 298 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  58.5 
 
 		 298 aa  345  4e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 302 aa  338  5e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 300 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  57.97 
 
 		 298 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 295 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  60.75 
 
 		 303 aa  332  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  57.09 
 
 		 327 aa  332  5e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 303 aa  331  7.000000000000001e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  60.75 
 
 		 303 aa  330  2e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 298 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 298 aa  322  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  55.97 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 298 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 298 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 300 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 295 aa  305  8.000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 291 aa  292  5e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 304 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  47.77 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  47.42 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.42 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 304 aa  280  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 304 aa  280  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  47.42 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  47.33 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  46.67 
 
 		 304 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 304 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  47 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 300 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  46.67 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  47.77 
 
 		 293 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  47.6 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 293 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 293 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  39.72 
 
 		 286 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 317 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 319 aa  198  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 312 aa  189  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.88 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 314 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>