More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2705 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 286 aa  579  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  40.71 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 298 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  39.72 
 
 		 327 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 298 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 298 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 297 aa  228  8e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 313 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  42.7 
 
 		 343 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 314 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 314 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 313 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.99 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  37.86 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  37.59 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.99 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 304 aa  215  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  36.79 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  37.14 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  36.43 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  33.92 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 319 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.29 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 302 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  30.53 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1294  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 349 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>