More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06200 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06200  transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03361  transcriptional regulator  51.96 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 290 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  27.55 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  25.76 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  27.24 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.65 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  24.7 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3159  regulatory protein, LysR  23.51 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  32.05 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  30.99 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  27.78 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  32.05 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  32.05 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.79 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  22.62 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  25.8 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1962  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>