More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3159 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3159  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3988  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3863  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0989  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 326 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 291 aa  96.3  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  26.91 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 295 aa  92  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  29.86 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06200  transcriptional regulator  23.51 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  32.54 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.39 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.59 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  33.54 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.31 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  34.23 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 320 aa  72.4  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  29.5 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>