More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03361 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03361  transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  594  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06200  transcriptional regulator  51.96 
 
 		 302 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 326 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2101  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  23.18 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  24.66 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  23.67 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  23.79 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  25.17 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  22.92 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  23.26 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  22.3 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000598647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  21.95 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  22.79 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  32.64 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  22.02 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  23.87 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0873  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2586  carbonate dehydratase  32.54 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2175  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  21.6 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  33.07 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  23.57 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  23.35 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0234  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.22332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  27.54 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>