More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0873 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0873  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  610  9.999999999999999e-175  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  33.22 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  33.22 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  32.17 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  31.47 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  31.82 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 316 aa  177  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  32.66 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  32.88 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  32.4 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  30.93 
 
 		 313 aa  175  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  30.07 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  31.82 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  30.48 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  31.12 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  30.66 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  30.14 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  31.06 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1393  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.182741 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  33.2 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  33.2 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  33.2 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  33.2 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  33.2 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  33.2 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  33.2 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  28.92 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  29.31 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1251  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0346286  normal  0.880588 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  158  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  29.51 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  31.64 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5363  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.782809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  30.24 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  30.24 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  30.24 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>