More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02856 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  607  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 297 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 302 aa  345  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 304 aa  335  5.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 304 aa  333  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 295 aa  332  6e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 322 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 322 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 302 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  52.74 
 
 		 304 aa  328  9e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 304 aa  325  8.000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 309 aa  323  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  51.71 
 
 		 306 aa  321  8e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  48.43 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  43.1 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  42.51 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  40.07 
 
 		 313 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.16 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  42.16 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  42.86 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  41.46 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  41.46 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  40.77 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  42.16 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  40.42 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  37.68 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  36.33 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 319 aa  202  7e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  36.08 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  35.99 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  34.01 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  35.64 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 311 aa  191  9e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  34.81 
 
 		 317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  34.81 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  34.47 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  34.47 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  34.47 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  34.47 
 
 		 317 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  34.47 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  35.54 
 
 		 353 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  31.51 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5363  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.782809  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>