More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0276 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0276  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  100 
 
 
969 aa  1991    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264842  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.08 
 
 
602 aa  277  7e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
668 aa  269  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 
666 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  35.43 
 
 
594 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.07 
 
 
623 aa  268  5e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.69 
 
 
623 aa  267  8e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.29 
 
 
672 aa  266  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.29 
 
 
672 aa  266  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 
668 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.66 
 
 
610 aa  265  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.22 
 
 
669 aa  265  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.05 
 
 
855 aa  264  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.1 
 
 
674 aa  264  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  35.64 
 
 
599 aa  264  6e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.4 
 
 
616 aa  264  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.04 
 
 
650 aa  263  8.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.58 
 
 
684 aa  263  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  34.4 
 
 
616 aa  263  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.64 
 
 
671 aa  263  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.67 
 
 
620 aa  262  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.96 
 
 
611 aa  262  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.7 
 
 
664 aa  263  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.31 
 
 
681 aa  262  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
664 aa  261  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.97 
 
 
647 aa  262  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.18 
 
 
618 aa  261  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.21 
 
 
781 aa  261  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.32 
 
 
620 aa  262  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.54 
 
 
656 aa  261  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.9 
 
 
667 aa  261  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
664 aa  261  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  40.75 
 
 
613 aa  260  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.22 
 
 
620 aa  260  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.42 
 
 
685 aa  260  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.42 
 
 
685 aa  260  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  47 
 
 
668 aa  260  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  47 
 
 
668 aa  260  9e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  47 
 
 
667 aa  260  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.21 
 
 
616 aa  259  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.91 
 
 
678 aa  260  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 
665 aa  260  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.94 
 
 
664 aa  259  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.62 
 
 
598 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.64 
 
 
900 aa  259  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.22 
 
 
615 aa  259  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.5 
 
 
829 aa  259  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.54 
 
 
621 aa  259  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.5 
 
 
821 aa  258  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.7 
 
 
659 aa  258  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.52 
 
 
755 aa  258  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.7 
 
 
638 aa  257  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 
666 aa  257  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.23 
 
 
808 aa  257  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.78 
 
 
612 aa  257  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  40.27 
 
 
620 aa  257  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.4 
 
 
696 aa  257  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.29 
 
 
615 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  40.77 
 
 
611 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.64 
 
 
710 aa  256  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.61 
 
 
612 aa  257  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.5 
 
 
616 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.37 
 
 
685 aa  255  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.67 
 
 
783 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.5 
 
 
616 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.34 
 
 
617 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.5 
 
 
616 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.39 
 
 
611 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.89 
 
 
612 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.67 
 
 
631 aa  256  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.78 
 
 
611 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.34 
 
 
617 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.67 
 
 
624 aa  256  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.71 
 
 
613 aa  255  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
615 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
615 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
615 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
615 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  40 
 
 
614 aa  255  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
615 aa  255  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.83 
 
 
631 aa  254  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.1 
 
 
666 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.64 
 
 
683 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.71 
 
 
616 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  38.71 
 
 
613 aa  254  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  38.98 
 
 
616 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  38.71 
 
 
613 aa  254  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  39.5 
 
 
617 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  5.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  34.99 
 
 
783 aa  254  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.71 
 
 
613 aa  254  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
666 aa  254  7e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.35 
 
 
602 aa  254  8.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
667 aa  254  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
718 aa  253  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
618 aa  253  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>