More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4626 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03946  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE  77.48 
 
 
552 aa  789    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4319  heme lyase subunit NrfE  77.48 
 
 
552 aa  788    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3918  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  77.3 
 
 
552 aa  786    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4624  heme lyase subunit NrfE  98.09 
 
 
578 aa  1113    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.653846 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  97.84 
 
 
740 aa  1325    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  98.51 
 
 
740 aa  1455    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03906  hypothetical protein  77.48 
 
 
552 aa  789    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4630  heme lyase subunit NrfE  77.3 
 
 
552 aa  788    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5579  heme lyase subunit NrfE  78.21 
 
 
559 aa  807    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4595  heme lyase subunit NrfE  78.51 
 
 
560 aa  813    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4533  heme lyase subunit NrfE  98.61 
 
 
578 aa  1118    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  100 
 
 
740 aa  1481    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2428  heme lyase subunit NrfE  59.35 
 
 
624 aa  669    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3953  heme lyase subunit NrfE  78.45 
 
 
540 aa  785    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4536  heme lyase subunit NrfE  78.33 
 
 
560 aa  810    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2731  heme lyase subunit NrfE  55.38 
 
 
624 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.56 
 
 
660 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.78 
 
 
659 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.32 
 
 
659 aa  380  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.68 
 
 
659 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.83 
 
 
659 aa  382  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.83 
 
 
658 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.92 
 
 
679 aa  379  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.23 
 
 
659 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.09 
 
 
659 aa  375  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.07 
 
 
659 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.07 
 
 
659 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.8 
 
 
694 aa  376  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  35.77 
 
 
659 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.09 
 
 
659 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.62 
 
 
656 aa  372  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.07 
 
 
653 aa  362  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38 
 
 
628 aa  359  8e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.99 
 
 
658 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.92 
 
 
647 aa  354  4e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.93 
 
 
664 aa  352  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  352  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  351  3e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  351  3e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  36.76 
 
 
647 aa  350  5e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  350  5e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  350  5e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  36.76 
 
 
647 aa  350  5e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
647 aa  349  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.22 
 
 
652 aa  348  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  35.66 
 
 
650 aa  348  3e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1565  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.07 
 
 
646 aa  345  2e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  35.37 
 
 
657 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.99 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.99 
 
 
643 aa  343  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
643 aa  343  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.66 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.66 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.65 
 
 
659 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.61 
 
 
639 aa  338  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.16 
 
 
661 aa  337  5e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.7 
 
 
657 aa  335  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  35.55 
 
 
677 aa  333  5e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.11 
 
 
659 aa  332  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06067  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.75 
 
 
645 aa  330  4e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0195051  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00860  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.75 
 
 
645 aa  330  4e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0670672  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.02 
 
 
666 aa  329  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.87 
 
 
651 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02722  heme chaperone--apocytochrome heme-lyase  36.31 
 
 
635 aa  327  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.69 
 
 
639 aa  327  7e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.98 
 
 
662 aa  327  7e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36 
 
 
660 aa  324  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.98 
 
 
665 aa  323  5e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.81 
 
 
657 aa  323  8e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.38 
 
 
651 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.9 
 
 
657 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.63 
 
 
679 aa  318  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.65 
 
 
673 aa  316  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003118  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfE nitrite reductase complex assembly  35.78 
 
 
634 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204586  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.14 
 
 
645 aa  312  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.23 
 
 
649 aa  311  2.9999999999999997e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.72 
 
 
653 aa  311  2.9999999999999997e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  40.99 
 
 
691 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3502  cytochrome c assembly protein  33.33 
 
 
654 aa  310  8e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  34.06 
 
 
659 aa  310  9e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  46.96 
 
 
658 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.09 
 
 
658 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.81 
 
 
666 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.81 
 
 
666 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  42.83 
 
 
685 aa  306  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  40.37 
 
 
649 aa  304  3.0000000000000004e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.38 
 
 
674 aa  304  5.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.29 
 
 
682 aa  303  7.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.99 
 
 
657 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.72 
 
 
663 aa  303  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  49.73 
 
 
661 aa  303  9e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  44.55 
 
 
675 aa  302  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.39 
 
 
666 aa  303  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.95 
 
 
657 aa  302  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  48.65 
 
 
660 aa  301  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>