235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2001 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
628 aa  1261    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.86 
 
 
660 aa  556  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.51 
 
 
659 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.29 
 
 
659 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.36 
 
 
659 aa  550  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.33 
 
 
659 aa  546  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.35 
 
 
659 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.19 
 
 
659 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.71 
 
 
658 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.33 
 
 
659 aa  545  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.89 
 
 
656 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.44 
 
 
659 aa  544  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.3 
 
 
658 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.37 
 
 
659 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.53 
 
 
659 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.37 
 
 
659 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.37 
 
 
659 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.56 
 
 
679 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02722  heme chaperone--apocytochrome heme-lyase  45.07 
 
 
635 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.69 
 
 
657 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  41.15 
 
 
649 aa  478  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003118  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfE nitrite reductase complex assembly  44.25 
 
 
634 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204586  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.25 
 
 
639 aa  466  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.34 
 
 
649 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.34 
 
 
673 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.06 
 
 
665 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.88 
 
 
666 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.69 
 
 
653 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.49 
 
 
694 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.59 
 
 
681 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.72 
 
 
639 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  38.65 
 
 
675 aa  450  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.43 
 
 
682 aa  449  1e-125  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.02 
 
 
677 aa  451  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  37.46 
 
 
685 aa  449  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.14 
 
 
651 aa  450  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  40.25 
 
 
650 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  38.51 
 
 
664 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3543  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.64 
 
 
679 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.18 
 
 
657 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.69 
 
 
645 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.51 
 
 
656 aa  443  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  40.09 
 
 
650 aa  444  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.57 
 
 
652 aa  444  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.51 
 
 
656 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.35 
 
 
679 aa  445  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.51 
 
 
656 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0487  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.49 
 
 
679 aa  445  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  38.34 
 
 
691 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.46 
 
 
685 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.9 
 
 
653 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0488  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.57 
 
 
679 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.38 
 
 
665 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.11 
 
 
660 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.87 
 
 
661 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.36 
 
 
662 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.65 
 
 
663 aa  434  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.34 
 
 
658 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.21 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.49 
 
 
663 aa  432  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.52 
 
 
664 aa  431  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.9 
 
 
658 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  37.01 
 
 
658 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.88 
 
 
647 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  36.88 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.88 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  36.88 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.65 
 
 
657 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.38 
 
 
657 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.29 
 
 
662 aa  427  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.2 
 
 
660 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.88 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.83 
 
 
660 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.88 
 
 
647 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.88 
 
 
647 aa  428  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  37.17 
 
 
660 aa  427  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.44 
 
 
660 aa  428  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.25 
 
 
657 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.35 
 
 
674 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.03 
 
 
657 aa  425  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  37.35 
 
 
681 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.65 
 
 
666 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.6 
 
 
661 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.65 
 
 
666 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0481  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.41 
 
 
656 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.02 
 
 
663 aa  423  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.75 
 
 
651 aa  425  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.72 
 
 
647 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.76 
 
 
661 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.66 
 
 
672 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06067  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.26 
 
 
645 aa  422  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0195051  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.66 
 
 
672 aa  422  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00860  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.26 
 
 
645 aa  422  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0670672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.64 
 
 
656 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.44 
 
 
651 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.19 
 
 
660 aa  422  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.52 
 
 
671 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
643 aa  419  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.38 
 
 
662 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  38.67 
 
 
659 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>