297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2786 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.53 
 
 		 659 aa  702    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  58.05 
 
 		 661 aa  682    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.97 
 
 		 662 aa  983    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.66 
 
 		 657 aa  681    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.71 
 
 		 659 aa  698    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.93 
 
 		 679 aa  716    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.4 
 
 		 659 aa  689    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.64 
 
 		 657 aa  1021    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.56 
 
 		 659 aa  697    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.95 
 
 		 657 aa  1011    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  51.94 
 
 		 681 aa  642    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.84 
 
 		 664 aa  664    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.21 
 
 		 673 aa  654    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.74 
 
 		 662 aa  1010    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.52 
 
 		 645 aa  676    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 657 aa  1304    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.68 
 
 		 661 aa  718    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  82.62 
 
 		 662 aa  1032    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.9 
 
 		 651 aa  714    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.89 
 
 		 657 aa  1009    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.97 
 
 		 660 aa  660    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.69 
 
 		 659 aa  707    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.73 
 
 		 679 aa  780    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  54.53 
 
 		 658 aa  697    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 659 aa  691    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.39 
 
 		 658 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.44 
 
 		 652 aa  712    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.24 
 
 		 647 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56 
 
 		 651 aa  685    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.21 
 
 		 657 aa  735    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  52.81 
 
 		 675 aa  679    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.55 
 
 		 649 aa  661    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.67 
 
 		 662 aa  983    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.94 
 
 		 692 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.28 
 
 		 660 aa  707    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.84 
 
 		 651 aa  691    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  53.98 
 
 		 685 aa  709    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.25 
 
 		 682 aa  666    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.71 
 
 		 681 aa  678    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.53 
 
 		 653 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 656 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  56.81 
 
 		 680 aa  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 656 aa  683    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.66 
 
 		 656 aa  667    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 656 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 647 aa  648    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.89 
 
 		 657 aa  994    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 677 aa  698    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  54.52 
 
 		 660 aa  691    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  53.33 
 
 		 649 aa  675    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.25 
 
 		 659 aa  697    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.16 
 
 		 659 aa  697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.3 
 
 		 659 aa  697    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.42 
 
 		 666 aa  657    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.68 
 
 		 656 aa  680    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.68 
 
 		 658 aa  692    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.55 
 
 		 647 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.45 
 
 		 639 aa  706    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  82.19 
 
 		 657 aa  961    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.28 
 
 		 662 aa  1003    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.25 
 
 		 659 aa  697    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.41 
 
 		 639 aa  700    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.39 
 
 		 647 aa  646    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.89 
 
 		 658 aa  707    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.85 
 
 		 665 aa  654    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.71 
 
 		 659 aa  699    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.49 
 
 		 653 aa  693    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.71 
 
 		 659 aa  698    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.92 
 
 		 694 aa  729    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.45 
 
 		 665 aa  707    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.94 
 
 		 672 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2704  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.32 
 
 		 639 aa  632  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.114382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.21 
 
 		 643 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.21 
 
 		 643 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.21 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.21 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.05 
 
 		 643 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  51.62 
 
 		 650 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  51.77 
 
 		 650 aa  627  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 674 aa  626  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.47 
 
 		 672 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.11 
 
 		 662 aa  607  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06067  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.48 
 
 		 645 aa  605  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0195051  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00860  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.48 
 
 		 645 aa  605  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0670672  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.31 
 
 		 653 aa  602  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.17 
 
 		 662 aa  600  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  49.69 
 
 		 664 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.88 
 
 		 663 aa  588  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.25 
 
 		 660 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1565  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.16 
 
 		 646 aa  588  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>