More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_1392 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  70.95 
 
 		 647 aa  915    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 647 aa  915    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.88 
 
 		 659 aa  668    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  76.07 
 
 		 651 aa  979    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.75 
 
 		 651 aa  877    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.1 
 
 		 662 aa  644    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.85 
 
 		 656 aa  1316    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 647 aa  914    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.45 
 
 		 679 aa  669    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.51 
 
 		 659 aa  660    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.05 
 
 		 659 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.02 
 
 		 657 aa  674    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  66.51 
 
 		 658 aa  844    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.64 
 
 		 657 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.01 
 
 		 639 aa  662    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.13 
 
 		 673 aa  643    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 662 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 643 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 643 aa  902    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 647 aa  914    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.7 
 
 		 661 aa  649    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.85 
 
 		 662 aa  676    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 643 aa  903    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.49 
 
 		 657 aa  672    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.59 
 
 		 660 aa  646    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 656 aa  1316    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.05 
 
 		 659 aa  669    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.42 
 
 		 679 aa  699    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.9 
 
 		 659 aa  668    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.71 
 
 		 657 aa  688    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.51 
 
 		 659 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  75.46 
 
 		 651 aa  968    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  71.1 
 
 		 643 aa  906    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 659 aa  673    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.25 
 
 		 657 aa  645    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.06 
 
 		 657 aa  686    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  49.85 
 
 		 675 aa  640    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 643 aa  903    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 		 649 aa  646    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.05 
 
 		 659 aa  669    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.25 
 
 		 662 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.78 
 
 		 660 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  65.3 
 
 		 660 aa  834    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  59.36 
 
 		 685 aa  774    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.64 
 
 		 643 aa  897    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 659 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.48 
 
 		 639 aa  662    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 647 aa  915    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 643 aa  902    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 647 aa  910    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.4 
 
 		 677 aa  776    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 647 aa  912    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  90.4 
 
 		 656 aa  1154    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  66.72 
 
 		 649 aa  910    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 659 aa  669    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.86 
 
 		 658 aa  647    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 659 aa  670    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 		 647 aa  915    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 		 656 aa  663    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.33 
 
 		 652 aa  840    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.73 
 
 		 658 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  58.18 
 
 		 657 aa  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.8 
 
 		 643 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.64 
 
 		 643 aa  897    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 656 aa  1316    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.35 
 
 		 659 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  70.95 
 
 		 647 aa  915    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.94 
 
 		 662 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.74 
 
 		 658 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.28 
 
 		 653 aa  804    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  71.1 
 
 		 643 aa  906    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.32 
 
 		 694 aa  663    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.28 
 
 		 665 aa  669    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  56.66 
 
 		 661 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.26 
 
 		 681 aa  633  1e-180  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 		 682 aa  630  1e-179  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.43 
 
 		 653 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.94 
 
 		 665 aa  631  1e-179  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 		 672 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.12 
 
 		 657 aa  625  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.04 
 
 		 672 aa  624  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.67 
 
 		 664 aa  620  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.49 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.5 
 
 		 645 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  52.87 
 
 		 680 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.21 
 
 		 666 aa  610  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 		 650 aa  599  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  47.26 
 
 		 681 aa  599  1e-170  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  47.99 
 
 		 650 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.33 
 
 		 674 aa  562  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.2 
 
 		 653 aa  562  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  46 
 
 		 664 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.03 
 
 		 666 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.03 
 
 		 666 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1565  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 		 646 aa  553  1e-156  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.94 
 
 		 671 aa  553  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2704  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.09 
 
 		 639 aa  555  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.114382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.59 
 
 		 662 aa  554  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.84 
 
 		 663 aa  551  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.12 
 
 		 665 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.998298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>