More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1463 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  100 
 
 
647 aa  1285    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  100 
 
 
647 aa  1285    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
647 aa  1285    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.85 
 
 
647 aa  1281    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.67 
 
 
651 aa  811    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.14 
 
 
643 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.45 
 
 
643 aa  1075    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  71.1 
 
 
656 aa  914    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.54 
 
 
651 aa  939    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.85 
 
 
647 aa  1283    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.73 
 
 
679 aa  682    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.29 
 
 
643 aa  1075    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.69 
 
 
647 aa  1281    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  62.58 
 
 
658 aa  777    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.62 
 
 
657 aa  644    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.14 
 
 
643 aa  1071    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.85 
 
 
647 aa  1283    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  74.46 
 
 
651 aa  944    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  56.64 
 
 
685 aa  708    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
647 aa  1285    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.98 
 
 
643 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.45 
 
 
643 aa  1075    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.29 
 
 
643 aa  1073    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.69 
 
 
677 aa  722    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.61 
 
 
639 aa  642    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  62.71 
 
 
660 aa  768    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  62.25 
 
 
649 aa  811    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.98 
 
 
643 aa  1069    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.29 
 
 
643 aa  1073    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 
656 aa  913    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.01 
 
 
657 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  99.85 
 
 
647 aa  1283    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  70.95 
 
 
656 aa  913    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.29 
 
 
643 aa  1075    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.4 
 
 
652 aa  794    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.15 
 
 
653 aa  739    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  72.85 
 
 
656 aa  896    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.7 
 
 
679 aa  632  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.51 
 
 
639 aa  632  1e-180  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56 
 
 
657 aa  630  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56 
 
 
657 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.96 
 
 
657 aa  628  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.31 
 
 
660 aa  628  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.49 
 
 
662 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  55.95 
 
 
661 aa  625  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.31 
 
 
658 aa  628  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.85 
 
 
662 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.71 
 
 
662 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.15 
 
 
658 aa  621  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 
675 aa  617  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.69 
 
 
662 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.9 
 
 
657 aa  613  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  51.88 
 
 
650 aa  613  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  51.72 
 
 
650 aa  613  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.39 
 
 
659 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.64 
 
 
662 aa  615  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
659 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.06 
 
 
694 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
659 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
659 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
659 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 
659 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.38 
 
 
660 aa  608  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  58.11 
 
 
657 aa  609  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.01 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.31 
 
 
659 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
659 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.26 
 
 
658 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.04 
 
 
692 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  54.17 
 
 
680 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.36 
 
 
673 aa  601  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.18 
 
 
645 aa  601  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.54 
 
 
659 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.24 
 
 
659 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 
672 aa  598  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.61 
 
 
649 aa  598  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.86 
 
 
661 aa  598  1e-169  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.7 
 
 
653 aa  596  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.2 
 
 
665 aa  598  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.73 
 
 
672 aa  594  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.61 
 
 
665 aa  595  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.68 
 
 
681 aa  593  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
656 aa  595  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.64 
 
 
664 aa  586  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.35 
 
 
666 aa  585  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.18 
 
 
657 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.16 
 
 
682 aa  577  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  47.38 
 
 
681 aa  567  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.7 
 
 
674 aa  559  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00860  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.25 
 
 
645 aa  548  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0670672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06067  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.25 
 
 
645 aa  548  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0195051  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.57 
 
 
653 aa  548  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2704  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.66 
 
 
639 aa  542  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.114382  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.5 
 
 
656 aa  544  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1565  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.09 
 
 
646 aa  540  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 
662 aa  535  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.9 
 
 
662 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1622  c-type cytochrome biogenesis membrane protein  49.09 
 
 
646 aa  534  1e-150  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.05 
 
 
661 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>