273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0182 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.54 
 
 
659 aa  1155    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.83 
 
 
659 aa  1135    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.41 
 
 
657 aa  643    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.54 
 
 
659 aa  1157    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.96 
 
 
679 aa  818    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.84 
 
 
659 aa  1140    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.3 
 
 
657 aa  657    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.38 
 
 
639 aa  688    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.52 
 
 
657 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56 
 
 
664 aa  653    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.28 
 
 
662 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.45 
 
 
657 aa  636    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.38 
 
 
652 aa  654    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  51.55 
 
 
658 aa  642    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.67 
 
 
661 aa  667    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.54 
 
 
662 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.15 
 
 
658 aa  638    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.98 
 
 
651 aa  676    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.42 
 
 
679 aa  679    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 
656 aa  671    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.73 
 
 
657 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.68 
 
 
657 aa  693    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.73 
 
 
660 aa  1077    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.6 
 
 
653 aa  666    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.54 
 
 
659 aa  1157    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.95 
 
 
656 aa  643    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 
656 aa  671    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.09 
 
 
677 aa  670    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.35 
 
 
656 aa  672    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  50.31 
 
 
649 aa  658    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  88.15 
 
 
659 aa  1165    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.39 
 
 
659 aa  1155    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  88.15 
 
 
659 aa  1161    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  54.45 
 
 
685 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
656 aa  1315    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.13 
 
 
658 aa  1127    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.45 
 
 
639 aa  674    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  88.15 
 
 
659 aa  1167    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.22 
 
 
662 aa  638    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  86.04 
 
 
659 aa  1136    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  85.13 
 
 
658 aa  1124    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.27 
 
 
694 aa  657    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.52 
 
 
665 aa  645    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.37 
 
 
659 aa  1134    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.84 
 
 
659 aa  1161    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  51.29 
 
 
660 aa  632  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.36 
 
 
657 aa  633  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.38 
 
 
651 aa  635  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.63 
 
 
660 aa  629  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 
651 aa  630  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.59 
 
 
662 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.69 
 
 
653 aa  630  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.28 
 
 
662 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.65 
 
 
692 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  48.44 
 
 
675 aa  621  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.53 
 
 
666 aa  619  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  52.82 
 
 
661 aa  618  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.17 
 
 
649 aa  618  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.42 
 
 
645 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 
673 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  55.76 
 
 
657 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
647 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  49.92 
 
 
647 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
647 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.4 
 
 
660 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  49.92 
 
 
647 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.85 
 
 
643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.85 
 
 
643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
643 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.77 
 
 
647 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
647 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.77 
 
 
647 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.39 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.39 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.77 
 
 
647 aa  600  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
647 aa  599  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.39 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.39 
 
 
643 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.2 
 
 
666 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
650 aa  593  1e-168  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.2 
 
 
666 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.84 
 
 
681 aa  594  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  47.89 
 
 
664 aa  592  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.71 
 
 
665 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  47.33 
 
 
650 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.1 
 
 
682 aa  590  1e-167  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0481  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.52 
 
 
656 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  46.02 
 
 
691 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.54 
 
 
674 aa  586  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.24 
 
 
685 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.16 
 
 
672 aa  581  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  50.23 
 
 
680 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.41 
 
 
658 aa  581  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.32 
 
 
663 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.85 
 
 
663 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.69 
 
 
672 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46 
 
 
663 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>