More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1513 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.76 
 
 
657 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.01 
 
 
656 aa  641    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.01 
 
 
656 aa  641    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56 
 
 
657 aa  658    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.61 
 
 
659 aa  683    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.31 
 
 
660 aa  710    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.28 
 
 
679 aa  701    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.3 
 
 
659 aa  673    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.32 
 
 
672 aa  671    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.76 
 
 
657 aa  668    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  55.59 
 
 
658 aa  690    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.13 
 
 
657 aa  663    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.63 
 
 
672 aa  677    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  66.31 
 
 
664 aa  792    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.76 
 
 
673 aa  701    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.3 
 
 
662 aa  641    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.45 
 
 
657 aa  660    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.28 
 
 
661 aa  669    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.54 
 
 
662 aa  676    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.02 
 
 
658 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.88 
 
 
659 aa  681    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.83 
 
 
659 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.91 
 
 
659 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.76 
 
 
679 aa  798    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.22 
 
 
662 aa  655    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
639 aa  1261    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.55 
 
 
665 aa  671    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  54.19 
 
 
685 aa  685    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.12 
 
 
659 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.86 
 
 
656 aa  640    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.71 
 
 
657 aa  812    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  51.94 
 
 
675 aa  642    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.21 
 
 
652 aa  700    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  60.8 
 
 
661 aa  729    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.31 
 
 
692 aa  725    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.81 
 
 
660 aa  694    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.62 
 
 
653 aa  775    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  57.83 
 
 
680 aa  697    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.45 
 
 
657 aa  701    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.69 
 
 
656 aa  638    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.48 
 
 
677 aa  673    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  55.43 
 
 
660 aa  673    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  52.54 
 
 
649 aa  642    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.68 
 
 
659 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.76 
 
 
659 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.3 
 
 
659 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.43 
 
 
659 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.17 
 
 
666 aa  665    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.38 
 
 
656 aa  668    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.77 
 
 
658 aa  713    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.35 
 
 
651 aa  692    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  59.38 
 
 
657 aa  636    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.99 
 
 
659 aa  686    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.3 
 
 
659 aa  678    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  89.92 
 
 
639 aa  1146    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.85 
 
 
674 aa  637    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.56 
 
 
658 aa  689    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.97 
 
 
653 aa  654    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.7 
 
 
694 aa  636    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.88 
 
 
651 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.9 
 
 
662 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.9 
 
 
662 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.26 
 
 
651 aa  628  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  53.12 
 
 
647 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.12 
 
 
647 aa  622  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.12 
 
 
647 aa  622  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.12 
 
 
647 aa  622  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  53.12 
 
 
647 aa  622  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.81 
 
 
665 aa  622  1e-177  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.96 
 
 
647 aa  620  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.96 
 
 
647 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.73 
 
 
647 aa  618  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.8 
 
 
647 aa  617  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.56 
 
 
643 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.4 
 
 
643 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.79 
 
 
643 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.56 
 
 
643 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.56 
 
 
643 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.4 
 
 
643 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.56 
 
 
643 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.79 
 
 
643 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  52.51 
 
 
650 aa  610  1e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  52.66 
 
 
650 aa  609  1e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.15 
 
 
681 aa  611  1e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54 
 
 
645 aa  609  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.79 
 
 
643 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.79 
 
 
643 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.31 
 
 
682 aa  606  9.999999999999999e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1565  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.41 
 
 
646 aa  595  1e-169  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.61 
 
 
649 aa  598  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.08 
 
 
671 aa  595  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.38 
 
 
662 aa  591  1e-167  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.07 
 
 
667 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1622  c-type cytochrome biogenesis membrane protein  52.57 
 
 
646 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.53 
 
 
660 aa  586  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.77 
 
 
665 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.64 
 
 
663 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.76 
 
 
662 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.44 
 
 
653 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.51 
 
 
656 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>