256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0478 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.59 
 
 
660 aa  751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
685 aa  1365    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3365  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.41 
 
 
709 aa  915    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  75.69 
 
 
691 aa  993    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0481  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.62 
 
 
656 aa  755    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0487  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  74.01 
 
 
679 aa  961    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3543  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.43 
 
 
679 aa  952    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.95 
 
 
658 aa  744    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0488  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.68 
 
 
679 aa  977    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3878  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.15 
 
 
688 aa  1029    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.16 
 
 
659 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.16 
 
 
659 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.87 
 
 
659 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.02 
 
 
659 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
659 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.32 
 
 
659 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.94 
 
 
659 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.7 
 
 
660 aa  593  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.15 
 
 
659 aa  595  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
659 aa  594  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
659 aa  595  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.81 
 
 
658 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.72 
 
 
658 aa  591  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0347  cytochrome c assembly protein  51.92 
 
 
663 aa  587  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.47 
 
 
659 aa  587  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.65 
 
 
659 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.24 
 
 
656 aa  582  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.43 
 
 
679 aa  544  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.23 
 
 
677 aa  510  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.73 
 
 
657 aa  504  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  41.84 
 
 
685 aa  502  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.38 
 
 
639 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.62 
 
 
639 aa  497  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.27 
 
 
679 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.34 
 
 
657 aa  498  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.27 
 
 
658 aa  494  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.97 
 
 
657 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.11 
 
 
657 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.02 
 
 
657 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.47 
 
 
664 aa  486  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  40.45 
 
 
649 aa  484  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.27 
 
 
651 aa  485  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.73 
 
 
662 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.69 
 
 
647 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.75 
 
 
694 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  41.49 
 
 
658 aa  478  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.6 
 
 
647 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.54 
 
 
647 aa  478  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.71 
 
 
652 aa  473  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.39 
 
 
647 aa  474  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.17 
 
 
661 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  40.41 
 
 
660 aa  471  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
653 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.41 
 
 
657 aa  472  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.92 
 
 
645 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.08 
 
 
657 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.6 
 
 
649 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.23 
 
 
653 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.57 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.19 
 
 
675 aa  464  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.42 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.55 
 
 
666 aa  462  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.42 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.94 
 
 
651 aa  461  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.91 
 
 
651 aa  462  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.23 
 
 
681 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.88 
 
 
665 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.34 
 
 
660 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.09 
 
 
663 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.44 
 
 
663 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.33 
 
 
662 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.27 
 
 
662 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.79 
 
 
628 aa  453  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.84 
 
 
665 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.94 
 
 
663 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.37 
 
 
643 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.11 
 
 
682 aa  449  1e-125  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.15 
 
 
656 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.42 
 
 
662 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.87 
 
 
662 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.17 
 
 
650 aa  447  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.57 
 
 
650 aa  448  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  40 
 
 
661 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.59 
 
 
673 aa  445  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45310  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.61 
 
 
657 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.97 
 
 
692 aa  439  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>