268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4051 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  75.08 
 
 
664 aa  998    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  52.32 
 
 
660 aa  636    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.25 
 
 
663 aa  697    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.23 
 
 
667 aa  688    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.2 
 
 
661 aa  704    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  53.05 
 
 
666 aa  636    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.15 
 
 
661 aa  668    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  53.19 
 
 
666 aa  647    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.91 
 
 
660 aa  712    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.69 
 
 
671 aa  700    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.17 
 
 
660 aa  700    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.26 
 
 
660 aa  693    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
666 aa  1310    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.23 
 
 
666 aa  662    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.02 
 
 
662 aa  668    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 
660 aa  687    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.86 
 
 
660 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.22 
 
 
660 aa  703    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.82 
 
 
665 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
666 aa  1310    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.46 
 
 
662 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.26 
 
 
660 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.35 
 
 
653 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.25 
 
 
663 aa  695    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.5 
 
 
663 aa  691    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  52 
 
 
659 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  53.05 
 
 
666 aa  633  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53 
 
 
654 aa  634  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.33 
 
 
660 aa  629  1e-179  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 
656 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.43 
 
 
664 aa  624  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.48 
 
 
679 aa  620  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.44 
 
 
659 aa  617  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.4 
 
 
660 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  53.9 
 
 
656 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.7 
 
 
662 aa  613  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.9 
 
 
656 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  49.62 
 
 
659 aa  611  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.41 
 
 
658 aa  608  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.53 
 
 
659 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.08 
 
 
658 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  48.04 
 
 
657 aa  598  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.31 
 
 
660 aa  597  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.41 
 
 
658 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.96 
 
 
665 aa  598  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.4 
 
 
657 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.78 
 
 
657 aa  594  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.67 
 
 
692 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.05 
 
 
651 aa  593  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.24 
 
 
653 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.89 
 
 
659 aa  588  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.84 
 
 
639 aa  591  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.49 
 
 
659 aa  589  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.31 
 
 
659 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
639 aa  586  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.31 
 
 
660 aa  585  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.2 
 
 
656 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  51.43 
 
 
661 aa  580  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
658 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  46.44 
 
 
685 aa  578  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.44 
 
 
659 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.15 
 
 
659 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.39 
 
 
661 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47 
 
 
659 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.3 
 
 
659 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.29 
 
 
659 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.27 
 
 
666 aa  574  1.0000000000000001e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.15 
 
 
659 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.08 
 
 
659 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.62 
 
 
659 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.45 
 
 
657 aa  572  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.87 
 
 
664 aa  569  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.41 
 
 
679 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.92 
 
 
662 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  45.58 
 
 
649 aa  565  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  47.63 
 
 
658 aa  568  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.85 
 
 
657 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.7 
 
 
662 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.7 
 
 
652 aa  563  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.05 
 
 
694 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.7 
 
 
657 aa  558  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.23 
 
 
673 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.55 
 
 
677 aa  559  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  44.8 
 
 
659 aa  560  1e-158  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  49.69 
 
 
680 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.14 
 
 
657 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  46.78 
 
 
660 aa  552  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.32 
 
 
662 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.47 
 
 
662 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
662 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.31 
 
 
672 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.88 
 
 
656 aa  545  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.16 
 
 
672 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.03 
 
 
656 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.03 
 
 
656 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.96 
 
 
653 aa  546  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  45.78 
 
 
650 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
650 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.95 
 
 
657 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.31 
 
 
665 aa  534  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>