262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4478 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  88.85 
 
 
660 aa  1105    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.76 
 
 
685 aa  754    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3365  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.94 
 
 
709 aa  709    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  61.69 
 
 
691 aa  777    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0487  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.54 
 
 
679 aa  723    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3543  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  59.29 
 
 
679 aa  723    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3878  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.16 
 
 
688 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0488  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.24 
 
 
679 aa  750    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0481  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81 
 
 
656 aa  1017    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4478  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
658 aa  1325    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.78 
 
 
659 aa  617  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.55 
 
 
658 aa  617  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.24 
 
 
659 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0347  cytochrome c assembly protein  54.21 
 
 
663 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.65 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.65 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.83 
 
 
660 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.65 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.18 
 
 
659 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.05 
 
 
659 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.41 
 
 
659 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.1 
 
 
659 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.1 
 
 
659 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.22 
 
 
658 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.1 
 
 
659 aa  596  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.72 
 
 
656 aa  594  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.41 
 
 
659 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.05 
 
 
679 aa  547  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.35 
 
 
657 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.27 
 
 
651 aa  512  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.53 
 
 
639 aa  508  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.36 
 
 
653 aa  502  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  41.63 
 
 
685 aa  499  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  40.99 
 
 
649 aa  499  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.46 
 
 
652 aa  498  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  41.37 
 
 
658 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  42.9 
 
 
650 aa  493  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.6 
 
 
657 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.09 
 
 
677 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.57 
 
 
639 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.93 
 
 
647 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.38 
 
 
658 aa  493  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  41.78 
 
 
647 aa  492  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.78 
 
 
647 aa  492  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  43.06 
 
 
650 aa  490  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  41.78 
 
 
647 aa  492  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.85 
 
 
679 aa  491  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.63 
 
 
647 aa  490  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.78 
 
 
647 aa  492  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.78 
 
 
647 aa  491  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  40.54 
 
 
660 aa  486  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.48 
 
 
647 aa  487  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.41 
 
 
647 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.34 
 
 
694 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.27 
 
 
673 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.87 
 
 
661 aa  483  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.26 
 
 
649 aa  479  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.62 
 
 
651 aa  480  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.47 
 
 
665 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.8 
 
 
651 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.68 
 
 
645 aa  476  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.88 
 
 
656 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.73 
 
 
656 aa  477  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.88 
 
 
656 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.95 
 
 
664 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
657 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.74 
 
 
657 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.74 
 
 
657 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.88 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.46 
 
 
643 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.88 
 
 
643 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.46 
 
 
643 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  468  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.52 
 
 
681 aa  469  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.39 
 
 
656 aa  468  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.69 
 
 
666 aa  468  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.61 
 
 
657 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.05 
 
 
643 aa  468  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.28 
 
 
662 aa  465  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.59 
 
 
660 aa  465  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  39.85 
 
 
675 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.71 
 
 
692 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.9 
 
 
628 aa  461  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  40.51 
 
 
661 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.61 
 
 
657 aa  458  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.71 
 
 
662 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41 
 
 
653 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  42.42 
 
 
680 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.15 
 
 
656 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.45 
 
 
672 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.45 
 
 
672 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.73 
 
 
662 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.57 
 
 
662 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.89 
 
 
662 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  38.53 
 
 
664 aa  443  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.56 
 
 
682 aa  444  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>