More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A4319 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03946  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE  98.37 
 
 
552 aa  1068    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3918  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  98.19 
 
 
552 aa  1065    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2731  heme lyase subunit NrfE  59.83 
 
 
624 aa  644    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5579  heme lyase subunit NrfE  98 
 
 
559 aa  1066    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4630  heme lyase subunit NrfE  99.28 
 
 
552 aa  1080    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  77.48 
 
 
740 aa  789    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4595  heme lyase subunit NrfE  98.91 
 
 
560 aa  1073    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4533  heme lyase subunit NrfE  77.8 
 
 
578 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03906  hypothetical protein  98.37 
 
 
552 aa  1068    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4536  heme lyase subunit NrfE  97.83 
 
 
560 aa  996    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  77.48 
 
 
740 aa  761    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  76.94 
 
 
740 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4319  heme lyase subunit NrfE  100 
 
 
552 aa  1086    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4624  heme lyase subunit NrfE  77.8 
 
 
578 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.653846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3953  heme lyase subunit NrfE  98.33 
 
 
540 aa  1046    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2428  heme lyase subunit NrfE  58.17 
 
 
624 aa  617  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.26 
 
 
660 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.71 
 
 
656 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.18 
 
 
628 aa  380  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  37.82 
 
 
650 aa  372  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  37.65 
 
 
650 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.86 
 
 
658 aa  372  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.34 
 
 
658 aa  364  3e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.04 
 
 
659 aa  362  8e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.96 
 
 
659 aa  362  8e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.96 
 
 
659 aa  362  9e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.72 
 
 
672 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.8 
 
 
659 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.09 
 
 
659 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.99 
 
 
672 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.95 
 
 
657 aa  355  1e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.89 
 
 
679 aa  355  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.63 
 
 
659 aa  348  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.3 
 
 
639 aa  347  4e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.48 
 
 
639 aa  346  6e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.55 
 
 
657 aa  344  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.09 
 
 
645 aa  344  2.9999999999999997e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.47 
 
 
659 aa  343  7e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.39 
 
 
643 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.38 
 
 
659 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  340  5e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.38 
 
 
659 aa  340  5e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.21 
 
 
643 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.21 
 
 
643 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  38.7 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  38.7 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.7 
 
 
647 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.25 
 
 
659 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.76 
 
 
664 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.83 
 
 
665 aa  335  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.5 
 
 
643 aa  334  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.5 
 
 
643 aa  334  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.05 
 
 
659 aa  333  5e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.42 
 
 
673 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.38 
 
 
679 aa  332  1e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.6 
 
 
666 aa  330  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.6 
 
 
666 aa  330  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.27 
 
 
674 aa  331  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.92 
 
 
667 aa  330  4e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.09 
 
 
661 aa  330  6e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.29 
 
 
659 aa  329  7e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.85 
 
 
662 aa  329  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.34 
 
 
653 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.44 
 
 
665 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 
651 aa  326  7e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02722  heme chaperone--apocytochrome heme-lyase  37.77 
 
 
635 aa  325  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.78 
 
 
649 aa  325  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.56 
 
 
694 aa  324  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  46.63 
 
 
664 aa  323  4e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.31 
 
 
653 aa  323  7e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.78 
 
 
666 aa  321  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.21 
 
 
662 aa  320  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.22 
 
 
665 aa  319  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.82 
 
 
681 aa  319  9e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.11 
 
 
657 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003118  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfE nitrite reductase complex assembly  36.75 
 
 
634 aa  317  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204586  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  43.39 
 
 
659 aa  317  4e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.52 
 
 
657 aa  317  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.09 
 
 
661 aa  316  6e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.69 
 
 
664 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  45.96 
 
 
685 aa  313  4.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.59 
 
 
692 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.85 
 
 
666 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.78 
 
 
653 aa  312  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1561  cytochrome c-type biogenesis protein  42.45 
 
 
681 aa  311  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.77201  normal  0.310028 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.99 
 
 
663 aa  311  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.05 
 
 
657 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.44 
 
 
682 aa  310  2.9999999999999997e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  46.13 
 
 
666 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  47.38 
 
 
661 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>