294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1364 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  80.78 
 
 		 662 aa  1035    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.59 
 
 		 663 aa  848    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.5 
 
 		 663 aa  858    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.65 
 
 		 660 aa  699    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.79 
 
 		 661 aa  788    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  74.81 
 
 		 660 aa  962    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.23 
 
 		 666 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 667 aa  1316    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.01 
 
 		 671 aa  694    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.73 
 
 		 660 aa  793    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  59.7 
 
 		 666 aa  726    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.23 
 
 		 666 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  59.55 
 
 		 666 aa  722    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.91 
 
 		 662 aa  645    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.25 
 
 		 660 aa  794    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.52 
 
 		 660 aa  797    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.11 
 
 		 661 aa  811    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  79.76 
 
 		 665 aa  1050    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.58 
 
 		 660 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.87 
 
 		 660 aa  778    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  59.55 
 
 		 666 aa  732    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.99 
 
 		 660 aa  723    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.29 
 
 		 664 aa  752    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.31 
 
 		 662 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.09 
 
 		 666 aa  769    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.89 
 
 		 663 aa  852    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  60.21 
 
 		 660 aa  732    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.52 
 
 		 660 aa  719    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.3 
 
 		 653 aa  658    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  53.28 
 
 		 664 aa  676    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  55.69 
 
 		 659 aa  710    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  61.86 
 
 		 659 aa  744    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.07 
 
 		 654 aa  627  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.99 
 
 		 656 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  52.97 
 
 		 656 aa  611  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.97 
 
 		 656 aa  611  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.91 
 
 		 658 aa  606  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.3 
 
 		 639 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.71 
 
 		 658 aa  595  1e-169  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.07 
 
 		 639 aa  593  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.77 
 
 		 679 aa  593  1e-168  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.27 
 
 		 657 aa  595  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  48.21 
 
 		 659 aa  590  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.93 
 
 		 692 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  47.23 
 
 		 657 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.79 
 
 		 657 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.38 
 
 		 659 aa  573  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.76 
 
 		 652 aa  572  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.54 
 
 		 651 aa  570  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  47.37 
 
 		 658 aa  568  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  46.32 
 
 		 685 aa  568  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.65 
 
 		 677 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  47.38 
 
 		 649 aa  564  1.0000000000000001e-159  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.13 
 
 		 659 aa  561  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.38 
 
 		 659 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.23 
 
 		 659 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.74 
 
 		 659 aa  561  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.48 
 
 		 657 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.03 
 
 		 673 aa  555  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.67 
 
 		 659 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.74 
 
 		 659 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.52 
 
 		 659 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.28 
 
 		 658 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.75 
 
 		 660 aa  553  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.6 
 
 		 659 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.54 
 
 		 659 aa  549  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.8 
 
 		 657 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  46.74 
 
 		 660 aa  551  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.92 
 
 		 659 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.92 
 
 		 659 aa  548  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.29 
 
 		 658 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.75 
 
 		 659 aa  551  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.09 
 
 		 661 aa  547  1e-154  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 		 665 aa  546  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 664 aa  543  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  49.62 
 
 		 680 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  49.24 
 
 		 661 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.32 
 
 		 653 aa  538  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.53 
 
 		 656 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 672 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.96 
 
 		 662 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.61 
 
 		 672 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 		 657 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 		 656 aa  530  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.13 
 
 		 660 aa  531  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 		 656 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 		 656 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.41 
 
 		 679 aa  525  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.65 
 
 		 651 aa  527  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.34 
 
 		 662 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  44.96 
 
 		 650 aa  523  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  44.65 
 
 		 650 aa  522  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.23 
 
 		 666 aa  523  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.04 
 
 		 662 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.72 
 
 		 694 aa  523  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.95 
 
 		 657 aa  520  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 		 651 aa  519  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.14 
 
 		 681 aa  520  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.49 
 
 		 662 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.21 
 
 		 653 aa  518  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>