299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2003 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  61.09 
 
 		 666 aa  742    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  60.94 
 
 		 666 aa  727    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  87.42 
 
 		 660 aa  1135    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.88 
 
 		 663 aa  822    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.58 
 
 		 667 aa  791    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  62.5 
 
 		 660 aa  764    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.37 
 
 		 663 aa  811    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.85 
 
 		 661 aa  1081    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.31 
 
 		 660 aa  753    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.03 
 
 		 663 aa  824    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  60.15 
 
 		 660 aa  739    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.07 
 
 		 666 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.79 
 
 		 671 aa  696    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.26 
 
 		 665 aa  829    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.26 
 
 		 662 aa  825    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  77.42 
 
 		 659 aa  962    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  53.33 
 
 		 659 aa  667    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  93.03 
 
 		 660 aa  1183    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.2 
 
 		 660 aa  776    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.51 
 
 		 662 aa  660    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.24 
 
 		 660 aa  1104    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  54.8 
 
 		 664 aa  679    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 660 aa  1304    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.36 
 
 		 660 aa  1082    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  67.17 
 
 		 661 aa  833    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.18 
 
 		 654 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.18 
 
 		 662 aa  741    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.99 
 
 		 656 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.3 
 
 		 660 aa  799    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.46 
 
 		 653 aa  692    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.86 
 
 		 666 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  60.94 
 
 		 666 aa  736    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  63.5 
 
 		 664 aa  779    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.86 
 
 		 666 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 		 659 aa  613  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  53.79 
 
 		 656 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.79 
 
 		 656 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.3 
 
 		 658 aa  606  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  50 
 
 		 657 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 		 658 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.58 
 
 		 657 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.07 
 
 		 679 aa  568  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  47.32 
 
 		 659 aa  567  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.46 
 
 		 651 aa  567  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.62 
 
 		 657 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.24 
 
 		 692 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  48.07 
 
 		 658 aa  556  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.16 
 
 		 639 aa  558  1e-157  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.77 
 
 		 665 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.99 
 
 		 639 aa  552  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.96 
 
 		 677 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  46.99 
 
 		 649 aa  553  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.2 
 
 		 652 aa  545  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.67 
 
 		 660 aa  545  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  47.74 
 
 		 660 aa  543  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.05 
 
 		 653 aa  542  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  45.04 
 
 		 685 aa  541  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.61 
 
 		 672 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.61 
 
 		 672 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  48.23 
 
 		 680 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.07 
 
 		 658 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.76 
 
 		 674 aa  533  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.39 
 
 		 673 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  50.23 
 
 		 661 aa  530  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 657 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.85 
 
 		 681 aa  528  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.85 
 
 		 658 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.78 
 
 		 659 aa  522  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.04 
 
 		 679 aa  522  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.53 
 
 		 660 aa  525  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.4 
 
 		 662 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.43 
 
 		 659 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.26 
 
 		 659 aa  521  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.83 
 
 		 666 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.27 
 
 		 659 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.72 
 
 		 659 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.23 
 
 		 664 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1390  cytochrome c assembly protein  47.94 
 
 		 655 aa  515  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.74825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.41 
 
 		 659 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.06 
 
 		 659 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 657 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.95 
 
 		 659 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.11 
 
 		 659 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.91 
 
 		 659 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.68 
 
 		 659 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.47 
 
 		 657 aa  512  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.84 
 
 		 657 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.12 
 
 		 661 aa  514  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1516  cytochrome c assembly protein  48 
 
 		 656 aa  512  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.658808 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.69 
 
 		 651 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.63 
 
 		 651 aa  510  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.64 
 
 		 656 aa  505  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.82 
 
 		 662 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.61 
 
 		 653 aa  505  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.73 
 
 		 659 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49 
 
 		 657 aa  508  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.35 
 
 		 647 aa  505  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.48 
 
 		 656 aa  504  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.35 
 
 		 647 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.61 
 
 		 682 aa  502  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>