More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1516 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1390  cytochrome c assembly protein  61.6 
 
 
655 aa  733    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.74825  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3990  cytochrome c assembly protein  64.68 
 
 
641 aa  752    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.186912 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1516  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
656 aa  1276    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.658808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.63 
 
 
660 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.23 
 
 
660 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.46 
 
 
657 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  46.69 
 
 
664 aa  508  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.11 
 
 
666 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.11 
 
 
666 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.09 
 
 
660 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.96 
 
 
662 aa  499  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 
660 aa  502  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.32 
 
 
662 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.79 
 
 
653 aa  497  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.91 
 
 
665 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.18 
 
 
663 aa  492  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.85 
 
 
661 aa  491  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.18 
 
 
663 aa  490  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.3 
 
 
663 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  47.23 
 
 
659 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.08 
 
 
660 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.45 
 
 
661 aa  485  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.38 
 
 
664 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.36 
 
 
666 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  44.11 
 
 
660 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.79 
 
 
660 aa  475  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.43 
 
 
654 aa  475  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.16 
 
 
660 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.36 
 
 
660 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.66 
 
 
671 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.35 
 
 
667 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.21 
 
 
660 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.03 
 
 
656 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.61 
 
 
660 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.18 
 
 
662 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.45 
 
 
679 aa  461  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  43.43 
 
 
666 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  43.17 
 
 
659 aa  458  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  42.14 
 
 
659 aa  456  1e-127  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
657 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  43.43 
 
 
666 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.68 
 
 
639 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  43.92 
 
 
656 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.92 
 
 
656 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  43.43 
 
 
666 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.33 
 
 
650 aa  449  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  39.75 
 
 
649 aa  449  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.51 
 
 
656 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.48 
 
 
650 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.67 
 
 
656 aa  448  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.43 
 
 
658 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.51 
 
 
656 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.37 
 
 
673 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.98 
 
 
651 aa  443  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.97 
 
 
659 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.22 
 
 
679 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.25 
 
 
681 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.97 
 
 
659 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.98 
 
 
659 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.02 
 
 
658 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.75 
 
 
658 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.82 
 
 
659 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  42.94 
 
 
661 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.94 
 
 
649 aa  437  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.09 
 
 
661 aa  436  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.5 
 
 
659 aa  437  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.82 
 
 
659 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.42 
 
 
639 aa  438  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.15 
 
 
659 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  40.85 
 
 
647 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  435  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.05 
 
 
664 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  435  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.91 
 
 
651 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  435  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.15 
 
 
659 aa  435  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  40.85 
 
 
647 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.15 
 
 
659 aa  435  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.82 
 
 
659 aa  435  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.85 
 
 
647 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.45 
 
 
653 aa  433  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.83 
 
 
652 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.41 
 
 
658 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.76 
 
 
659 aa  432  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.07 
 
 
677 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.86 
 
 
656 aa  432  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.7 
 
 
647 aa  432  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.93 
 
 
665 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.38 
 
 
657 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.29 
 
 
659 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
659 aa  429  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.98 
 
 
656 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.81 
 
 
682 aa  426  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.45 
 
 
651 aa  429  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.49 
 
 
660 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.16 
 
 
662 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.24 
 
 
694 aa  425  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  43.84 
 
 
680 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>