More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1169 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.13 
 
 
660 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  92.23 
 
 
656 aa  1085    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.9 
 
 
667 aa  638    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.38 
 
 
663 aa  675    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.97 
 
 
662 aa  679    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.54 
 
 
666 aa  650    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.5 
 
 
661 aa  675    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  92.23 
 
 
656 aa  1085    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.38 
 
 
663 aa  673    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  53.04 
 
 
664 aa  642    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  53.04 
 
 
660 aa  635    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 
666 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.81 
 
 
671 aa  669    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.17 
 
 
660 aa  660    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  56.83 
 
 
659 aa  675    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.99 
 
 
660 aa  667    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.73 
 
 
662 aa  961    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.98 
 
 
660 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.99 
 
 
660 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.59 
 
 
660 aa  669    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  56.22 
 
 
665 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  74.81 
 
 
654 aa  954    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 
666 aa  644    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
656 aa  1285    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.42 
 
 
663 aa  661    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.38 
 
 
660 aa  685    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  73.77 
 
 
653 aa  946    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.13 
 
 
661 aa  622  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.61 
 
 
662 aa  624  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.7 
 
 
664 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.54 
 
 
657 aa  615  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  51.27 
 
 
666 aa  615  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  50.9 
 
 
666 aa  609  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.45 
 
 
658 aa  611  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49 
 
 
651 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  50.9 
 
 
666 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  50.54 
 
 
659 aa  600  1e-170  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.8 
 
 
660 aa  598  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.93 
 
 
660 aa  594  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  49.38 
 
 
658 aa  592  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.48 
 
 
679 aa  589  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.66 
 
 
639 aa  585  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.19 
 
 
659 aa  586  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
657 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.55 
 
 
658 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  48.08 
 
 
657 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.32 
 
 
652 aa  581  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  49.02 
 
 
660 aa  581  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.78 
 
 
679 aa  575  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.8 
 
 
639 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.71 
 
 
665 aa  574  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.4 
 
 
673 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  46.39 
 
 
685 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.23 
 
 
662 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.48 
 
 
660 aa  562  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.51 
 
 
660 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.79 
 
 
677 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  51.39 
 
 
661 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.92 
 
 
657 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.16 
 
 
672 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  46.85 
 
 
659 aa  560  1e-158  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50 
 
 
664 aa  556  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.11 
 
 
681 aa  556  1e-157  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.79 
 
 
653 aa  557  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.08 
 
 
672 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.7 
 
 
657 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.54 
 
 
692 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  50.08 
 
 
680 aa  555  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.85 
 
 
657 aa  552  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.53 
 
 
658 aa  554  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.76 
 
 
657 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.64 
 
 
661 aa  551  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.46 
 
 
662 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  46.43 
 
 
649 aa  549  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.46 
 
 
662 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.7 
 
 
656 aa  545  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.61 
 
 
658 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.85 
 
 
656 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.39 
 
 
651 aa  548  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.62 
 
 
666 aa  546  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.85 
 
 
656 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  47.73 
 
 
647 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.73 
 
 
647 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  47.73 
 
 
647 aa  543  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.86 
 
 
649 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.28 
 
 
659 aa  545  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.73 
 
 
647 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.73 
 
 
647 aa  543  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.33 
 
 
659 aa  544  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.73 
 
 
647 aa  542  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.17 
 
 
659 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.42 
 
 
647 aa  538  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.58 
 
 
647 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.76 
 
 
659 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.58 
 
 
647 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.76 
 
 
659 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.92 
 
 
659 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.34 
 
 
659 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.81 
 
 
653 aa  539  9.999999999999999e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.15 
 
 
662 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>