More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2428 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2428  heme lyase subunit NrfE  100 
 
 
624 aa  1226    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5579  heme lyase subunit NrfE  59.44 
 
 
559 aa  635    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  59.35 
 
 
740 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2731  heme lyase subunit NrfE  93.43 
 
 
624 aa  1094    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4624  heme lyase subunit NrfE  59.84 
 
 
578 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.653846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4533  heme lyase subunit NrfE  59.68 
 
 
578 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  59.52 
 
 
740 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  59.84 
 
 
740 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4595  heme lyase subunit NrfE  58.36 
 
 
560 aa  610  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4319  heme lyase subunit NrfE  58.17 
 
 
552 aa  599  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4536  heme lyase subunit NrfE  57.7 
 
 
560 aa  601  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3918  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  57.83 
 
 
552 aa  592  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4630  heme lyase subunit NrfE  57.67 
 
 
552 aa  595  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03946  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE  58.04 
 
 
552 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03906  hypothetical protein  58.04 
 
 
552 aa  591  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3953  heme lyase subunit NrfE  59.33 
 
 
540 aa  589  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.01 
 
 
659 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.01 
 
 
659 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.26 
 
 
658 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.32 
 
 
659 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.16 
 
 
659 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.48 
 
 
659 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.32 
 
 
660 aa  451  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.67 
 
 
659 aa  451  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.31 
 
 
659 aa  451  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.16 
 
 
659 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.32 
 
 
659 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.19 
 
 
659 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.28 
 
 
679 aa  442  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.47 
 
 
656 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.97 
 
 
658 aa  438  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.06 
 
 
659 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.83 
 
 
673 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.27 
 
 
659 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.46 
 
 
645 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.72 
 
 
657 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.47 
 
 
639 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.96 
 
 
662 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.11 
 
 
657 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  39.94 
 
 
649 aa  418  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.91 
 
 
694 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.71 
 
 
657 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2001  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.93 
 
 
628 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40 
 
 
639 aa  411  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.99 
 
 
657 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.68 
 
 
657 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.47 
 
 
657 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.32 
 
 
653 aa  405  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.38 
 
 
662 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.7 
 
 
662 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.1 
 
 
679 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.97 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.19 
 
 
666 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.09 
 
 
651 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.16 
 
 
665 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  38.99 
 
 
647 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.33 
 
 
672 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.61 
 
 
643 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.61 
 
 
643 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.73 
 
 
656 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.33 
 
 
672 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.73 
 
 
656 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.19 
 
 
657 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.73 
 
 
656 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4322  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.05 
 
 
662 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563124  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.59 
 
 
664 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.61 
 
 
643 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.7 
 
 
665 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.61 
 
 
643 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.54 
 
 
660 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  37.52 
 
 
685 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.81 
 
 
674 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.21 
 
 
677 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.63 
 
 
651 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1545  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.2 
 
 
662 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.864924  normal  0.731275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4146  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.94 
 
 
649 aa  390  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.3 
 
 
692 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1348  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.5 
 
 
682 aa  390  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  41.6 
 
 
680 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2489  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.45 
 
 
643 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0165836 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.97 
 
 
661 aa  385  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  37.29 
 
 
651 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.4 
 
 
656 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  38.71 
 
 
664 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1871  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  37.13 
 
 
675 aa  378  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0677969  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.21 
 
 
653 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  36.63 
 
 
681 aa  375  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4003  cytochrome c nitrate reductase biogenesis protein NrfE  36.16 
 
 
691 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>