More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1964 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1964  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 702 aa  1421    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0095  DNA topoisomerase I  46.52 
 
 		 743 aa  628  1e-178  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  47.75 
 
 		 771 aa  624  1e-177  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  46.2 
 
 		 844 aa  592  1e-168  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0595  DNA topoisomerase I  47.69 
 
 		 744 aa  590  1e-167  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  45.79 
 
 		 863 aa  587  1e-166  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  44.12 
 
 		 837 aa  570  1e-161  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  0.0000000285044 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1139  DNA topoisomerase type IA central domain protein  44.31 
 
 		 849 aa  567  1e-160  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.395203 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09220  topoisomerase IA  44.17 
 
 		 834 aa  566  1e-160  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.143894  normal  0.0154062 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2461  DNA topoisomerase  44.62 
 
 		 843 aa  564  1.0000000000000001e-159  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  45.39 
 
 		 827 aa  561  1e-158  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1011  DNA topoisomerase  44.38 
 
 		 931 aa  555  1e-157  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0783808  normal  0.0479859 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1093  DNA topoisomerase type IA central domain protein  41.43 
 
 		 837 aa  546  1e-154  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1299  DNA topoisomerase type IA central domain protein  44.66 
 
 		 938 aa  540  9.999999999999999e-153  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.596273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0770  DNA topoisomerase  44.74 
 
 		 931 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0112956  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  43.79 
 
 		 864 aa  536  1e-151  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0859  DNA topoisomerase  43.79 
 
 		 942 aa  526  1e-148  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.293507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  43.05 
 
 		 747 aa  507  9.999999999999999e-143  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  41.33 
 
 		 935 aa  496  1e-139  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  33.1 
 
 		 817 aa  377  1e-103  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2128  DNA topoisomerase, type I  32.72 
 
 		 855 aa  373  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.572238 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0705  DNA topoisomerase  32.56 
 
 		 780 aa  374  1e-102  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  33.24 
 
 		 812 aa  367  1e-100  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  33.09 
 
 		 814 aa  360  4e-98  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  32.95 
 
 		 814 aa  360  5e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  31.34 
 
 		 853 aa  332  1e-89  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0885  DNA topoisomerase  35.73 
 
 		 631 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0843416  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1735  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  36.01 
 
 		 604 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.718005  hitchhiker  0.000823973 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1359  DNA topoisomerase  34.8 
 
 		 602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.013738 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0109  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  33.39 
 
 		 610 aa  304  3.0000000000000004e-81  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.00000681889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0392  DNA topoisomerase  32.09 
 
 		 604 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.225119  normal  0.175863 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1889  DNA topoisomerase I  30.98 
 
 		 668 aa  277  4e-73  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.806156  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1115  DNA topoisomerase  33.9 
 
 		 596 aa  273  6e-72  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8810  DNA topoisomerase  30.52 
 
 		 868 aa  254  4.0000000000000004e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.917921  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34564  DNA topoisomerase  29.15 
 
 		 616 aa  249  1e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.496706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33842  predicted protein  30.78 
 
 		 641 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  31.06 
 
 		 693 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04555  DNA topoisomerase III (Eurofung)  28.55 
 
 		 629 aa  234  5e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.755081  normal  0.215917 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  31.07 
 
 		 696 aa  227  7e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32265  predicted protein  30.53 
 
 		 863 aa  225  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142978  normal  0.982566 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  32.45 
 
 		 696 aa  225  2e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  31.86 
 
 		 697 aa  224  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  29.39 
 
 		 702 aa  224  4.9999999999999996e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1674  DNA topoisomerase I  28.52 
 
 		 700 aa  220  6e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.121954  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  28.69 
 
 		 700 aa  220  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  28.79 
 
 		 691 aa  219  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  31.85 
 
 		 849 aa  219  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  32.26 
 
 		 894 aa  219  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  29.98 
 
 		 841 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  30.15 
 
 		 710 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  28.88 
 
 		 853 aa  213  7e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  29.92 
 
 		 756 aa  213  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  30.54 
 
 		 655 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  30.6 
 
 		 851 aa  211  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  30.6 
 
 		 851 aa  211  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  28.88 
 
 		 693 aa  210  7e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  29.23 
 
 		 751 aa  209  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  28.53 
 
 		 655 aa  209  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  29.24 
 
 		 669 aa  209  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  29.34 
 
 		 693 aa  208  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  27.3 
 
 		 743 aa  208  3e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  30.7 
 
 		 836 aa  208  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  31.48 
 
 		 708 aa  207  4e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2224  DNA topoisomerase I  29.85 
 
 		 898 aa  207  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.648811  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00400  DNA topoisomerase type I, putative  26.44 
 
 		 828 aa  207  7e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.772015  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  31.99 
 
 		 760 aa  206  8e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  29.78 
 
 		 768 aa  206  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  27.46 
 
 		 691 aa  205  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  29.14 
 
 		 729 aa  205  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  27.46 
 
 		 691 aa  205  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1729  DNA topoisomerase I  27.72 
 
 		 894 aa  205  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724746 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  30.55 
 
 		 859 aa  205  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  30.4 
 
 		 654 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2705  DNA topoisomerase I  27.57 
 
 		 878 aa  204  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  28.64 
 
 		 694 aa  203  7e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2250  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 		 880 aa  203  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  29.08 
 
 		 697 aa  203  9e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1585  DNA topoisomerase I  27.87 
 
 		 894 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.328544  normal  0.0409432 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2496  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 		 880 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1660  DNA topoisomerase I  27.87 
 
 		 894 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.367793  unclonable  0.0000368554 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  29.31 
 
 		 711 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  27.88 
 
 		 679 aa  201  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  29.47 
 
 		 697 aa  201  3e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  32.36 
 
 		 701 aa  201  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  28.26 
 
 		 694 aa  201  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47417  predicted protein  26.25 
 
 		 1009 aa  201  3e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.143888  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2722  DNA topoisomerase I  28.53 
 
 		 690 aa  201  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000409136  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  28.95 
 
 		 691 aa  201  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0310  DNA topoisomerase III  27.74 
 
 		 679 aa  201  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  31.88 
 
 		 913 aa  201  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  26.52 
 
 		 731 aa  201  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1855  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 		 880 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000497797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2609  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 		 880 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0281339  decreased coverage  0.00102405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  30.96 
 
 		 911 aa  200  6e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  30.8 
 
 		 936 aa  200  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2489  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 		 880 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.297791  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  28.67 
 
 		 714 aa  200  7e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  30.91 
 
 		 922 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  26.94 
 
 		 731 aa  200  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1803  DNA topoisomerase I  28.55 
 
 		 906 aa  200  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0789615  hitchhiker  0.0000387309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>