More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1115 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1115  DNA topoisomerase  100 
 
 		 596 aa  1211    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1735  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  75.13 
 
 		 604 aa  927    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.718005  hitchhiker  0.000823973 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1359  DNA topoisomerase  74.83 
 
 		 602 aa  930    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.013738 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0392  DNA topoisomerase  73.78 
 
 		 604 aa  932    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.225119  normal  0.175863 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0109  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  52.57 
 
 		 610 aa  588  1e-166  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.00000681889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0885  DNA topoisomerase  49.49 
 
 		 631 aa  534  1e-150  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0843416  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2128  DNA topoisomerase, type I  35.96 
 
 		 855 aa  325  1e-87  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.572238 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0705  DNA topoisomerase  34.43 
 
 		 780 aa  317  4e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0595  DNA topoisomerase I  34.51 
 
 		 744 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1011  DNA topoisomerase  34.09 
 
 		 931 aa  286  5e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0783808  normal  0.0479859 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0770  DNA topoisomerase  33.95 
 
 		 931 aa  283  7.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0112956  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  33.66 
 
 		 844 aa  283  8.000000000000001e-75  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2461  DNA topoisomerase  32.22 
 
 		 843 aa  281  2e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1964  DNA topoisomerase I  33.9 
 
 		 702 aa  281  3e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1139  DNA topoisomerase type IA central domain protein  31.5 
 
 		 849 aa  278  3e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.395203 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  32.57 
 
 		 827 aa  277  4e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  32.73 
 
 		 863 aa  275  3e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  31.53 
 
 		 837 aa  274  4.0000000000000004e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  0.0000000285044 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0859  DNA topoisomerase  33.33 
 
 		 942 aa  272  2e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.293507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1093  DNA topoisomerase type IA central domain protein  31.6 
 
 		 837 aa  271  2.9999999999999997e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  32.44 
 
 		 935 aa  270  7e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33842  predicted protein  34.06 
 
 		 641 aa  267  4e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47417  predicted protein  31.91 
 
 		 1009 aa  267  4e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.143888  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1299  DNA topoisomerase type IA central domain protein  32.72 
 
 		 938 aa  265  2e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.596273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0095  DNA topoisomerase I  32 
 
 		 743 aa  265  2e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000317173  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  31.68 
 
 		 747 aa  265  3e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  31.56 
 
 		 771 aa  264  4e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32265  predicted protein  32.53 
 
 		 863 aa  264  4e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142978  normal  0.982566 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8810  DNA topoisomerase  33.5 
 
 		 868 aa  259  7e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.917921  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  31.23 
 
 		 864 aa  258  2e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09220  topoisomerase IA  31.9 
 
 		 834 aa  258  3e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.143894  normal  0.0154062 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00400  DNA topoisomerase type I, putative  31.36 
 
 		 828 aa  256  8e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.772015  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04555  DNA topoisomerase III (Eurofung)  31.1 
 
 		 629 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.755081  normal  0.215917 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34564  DNA topoisomerase  32.66 
 
 		 616 aa  252  2e-65  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.496706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  28.31 
 
 		 817 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  27.26 
 
 		 853 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  27.44 
 
 		 814 aa  217  5e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  27.57 
 
 		 812 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  27.9 
 
 		 814 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1889  DNA topoisomerase I  26.45 
 
 		 668 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.806156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2316  DNA topoisomerase I  28.96 
 
 		 866 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.105291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  26.49 
 
 		 689 aa  171  3e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2015  DNA topoisomerase I  28.52 
 
 		 866 aa  169  9e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00844458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2162  DNA topoisomerase I  29.22 
 
 		 867 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.010806  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  25.91 
 
 		 751 aa  167  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0914  DNA topoisomerase I  29.22 
 
 		 868 aa  167  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0393  DNA topoisomerase I  28.48 
 
 		 884 aa  166  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000925228  unclonable  0.0000000013775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  30.06 
 
 		 868 aa  163  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  26.22 
 
 		 700 aa  163  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  26.7 
 
 		 700 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1924  DNA topoisomerase I  28.54 
 
 		 868 aa  162  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  26.22 
 
 		 700 aa  162  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  26.04 
 
 		 695 aa  162  2e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  30.36 
 
 		 869 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  25.2 
 
 		 760 aa  161  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  29.9 
 
 		 869 aa  161  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  29.9 
 
 		 869 aa  161  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  29.9 
 
 		 869 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  26.88 
 
 		 704 aa  160  7e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  29.98 
 
 		 868 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  25 
 
 		 758 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  25.47 
 
 		 691 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1660  DNA topoisomerase I  27.57 
 
 		 892 aa  158  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000915276  normal  0.794129 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  25.47 
 
 		 691 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0779  DNA topoisomerase I  25.95 
 
 		 706 aa  158  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000394767  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  30.14 
 
 		 868 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1901  DNA topoisomerase I  27.02 
 
 		 896 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.164413  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  30.14 
 
 		 868 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1923  DNA topoisomerase I  27.77 
 
 		 871 aa  157  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0924763  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2304  DNA topoisomerase I  27.77 
 
 		 871 aa  156  8e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.926517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2033  DNA topoisomerase I  27.77 
 
 		 871 aa  157  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1614  DNA topoisomerase I  28.15 
 
 		 865 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  hitchhiker  0.000000000000466003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1904  DNA topoisomerase I  28.15 
 
 		 865 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  2.78185e-16 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1841  DNA topoisomerase I  28.15 
 
 		 865 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.253396  hitchhiker  0.0000000000877757 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1432  DNA topoisomerase I  28.15 
 
 		 865 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0283977  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  27.45 
 
 		 697 aa  156  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1846  DNA topoisomerase I  28.15 
 
 		 865 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.996923  normal  0.0120486 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1474  DNA topoisomerase I  28.06 
 
 		 865 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00320061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1498  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01250  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.856005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2375  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000189026  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1857  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.2475e-18 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1383  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01260  hypothetical protein  27.98 
 
 		 865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.742047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1906  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.176274  hitchhiker  0.000000000000101765 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2354  DNA topoisomerase I  27.98 
 
 		 865 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.01053  unclonable  0.0000000472675 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  25.79 
 
 		 702 aa  154  5e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3876  DNA topoisomerase I  29.43 
 
 		 876 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198302  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2073  DNA topoisomerase I  26.64 
 
 		 802 aa  153  7e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  26.43 
 
 		 883 aa  153  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  25 
 
 		 693 aa  153  8e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  26.03 
 
 		 691 aa  153  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01574  DNA topoisomerase I  29.63 
 
 		 876 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1585  DNA topoisomerase I  28.32 
 
 		 894 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.328544  normal  0.0409432 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1660  DNA topoisomerase I  28.32 
 
 		 894 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.367793  unclonable  0.0000368554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1322  DNA topoisomerase I  28.95 
 
 		 872 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425671  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2705  DNA topoisomerase I  28.12 
 
 		 878 aa  151  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0666  DNA topoisomerase I  26.09 
 
 		 633 aa  150  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000220674  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1729  DNA topoisomerase I  28.32 
 
 		 894 aa  150  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724746 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  26.42 
 
 		 747 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>