167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6998 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012858  Rleg_6998  PAS fold-4 domain protein  100 
 
 
195 aa  400  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.24 
 
 
720 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 
1092 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.59 
 
 
951 aa  148  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  42.05 
 
 
1086 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.48 
 
 
1086 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.14 
 
 
1095 aa  142  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.05 
 
 
966 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3514  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
494 aa  132  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1750  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 
660 aa  131  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 
703 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.93 
 
 
916 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3792  putative PAS/PAC sensor protein  44.44 
 
 
406 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.200151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0091  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 
930 aa  106  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00954137  normal  0.993222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 
1165 aa  105  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 
889 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
575 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
1339 aa  96.3  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 
1036 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 
943 aa  91.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3730  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
978 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.208606  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
1068 aa  87  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  30.05 
 
 
1093 aa  86.3  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
946 aa  85.1  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4322  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
969 aa  84  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.39845 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  63.33 
 
 
732 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  63.33 
 
 
727 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
949 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1701  PAS sensor protein  29.78 
 
 
975 aa  80.5  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.454558  hitchhiker  0.00934608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
809 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  30 
 
 
949 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1390  signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
484 aa  78.6  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38029 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  60 
 
 
727 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  60 
 
 
727 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
568 aa  77.4  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127973  decreased coverage  0.00024777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
829 aa  77  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.254263  normal  0.520462 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  35.66 
 
 
692 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0108  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
827 aa  75.1  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
688 aa  72  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  53.45 
 
 
365 aa  71.6  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1635  signal transduction histidine kinase  57.63 
 
 
362 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
799 aa  68.6  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11395  hypothetical protein  35.4 
 
 
653 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
1065 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1076 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
798 aa  65.9  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  39.51 
 
 
1065 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
957 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
573 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  33.88 
 
 
334 aa  62.8  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1057 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
927 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0741  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
356 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2030  putative sensor histidine kinase  44.44 
 
 
313 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
655 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  26.15 
 
 
1036 aa  58.2  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.59 
 
 
508 aa  57.8  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 
942 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
633 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3714  histidine kinase  39.13 
 
 
438 aa  56.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  hitchhiker  0.000324406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
1383 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 
944 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  46.55 
 
 
1202 aa  55.1  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
489 aa  53.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2087  putative PAS/PAC sensor protein  26.27 
 
 
666 aa  53.9  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000976195  normal  0.0252685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 
652 aa  53.9  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0331  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
929 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  27.4 
 
 
847 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
742 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 
1215 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
488 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
955 aa  52.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.43 
 
 
764 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 
713 aa  52.4  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.57 
 
 
707 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
1370 aa  52  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 
1225 aa  52  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  40.32 
 
 
1225 aa  52  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.2 
 
 
1338 aa  52.4  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 
1224 aa  52  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2332  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 
687 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
881 aa  51.6  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.98 
 
 
1514 aa  51.2  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.98 
 
 
1514 aa  51.2  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4420  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 
922 aa  50.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0348998  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5794  signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
717 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.63151  normal  0.343732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  43.1 
 
 
858 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4502  diguanylate cyclase  45.76 
 
 
523 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  24.85 
 
 
655 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  28.33 
 
 
895 aa  50.4  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  32.65 
 
 
576 aa  49.7  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
655 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.06 
 
 
1428 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  29.5 
 
 
931 aa  49.3  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1440  putative PAS/PAC sensor protein  28.24 
 
 
477 aa  48.9  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
608 aa  49.3  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 
1390 aa  48.5  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 
826 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3430  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
705 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>