More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2379 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  98.47 
 
 
655 aa  1314    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  85.5 
 
 
655 aa  1148    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  100 
 
 
655 aa  1332    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0108  PAS sensor protein  42.19 
 
 
620 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4799  signal transduction histidine kinase  41.6 
 
 
620 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  42.88 
 
 
624 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  60.78 
 
 
635 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  51.94 
 
 
500 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  52.66 
 
 
500 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4235  signal transduction histidine kinase  59.76 
 
 
496 aa  364  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.942064  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0915  PAS sensor protein  41.91 
 
 
1132 aa  339  9e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476466  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0876  signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 
1132 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61927  normal  0.464028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0851  signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 
1124 aa  331  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6264  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  49.86 
 
 
1163 aa  321  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  50.62 
 
 
633 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3000  signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 
495 aa  253  9.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  69.28 
 
 
508 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
792 aa  244  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1297  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  43.3 
 
 
1168 aa  233  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5794  signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
717 aa  231  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.63151  normal  0.343732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  39.89 
 
 
1202 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7977  signal transduction histidine kinase  43.11 
 
 
1039 aa  224  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
957 aa  224  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5237  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 
1324 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.395635 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  59.6 
 
 
528 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 
1086 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
728 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
1092 aa  198  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  28.79 
 
 
728 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.71 
 
 
835 aa  197  6e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  29.2 
 
 
733 aa  197  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
966 aa  194  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  31.08 
 
 
1086 aa  193  7e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  35.05 
 
 
692 aa  190  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
582 aa  187  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.35 
 
 
1215 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.28 
 
 
1057 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 
1076 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  34.59 
 
 
1096 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
1096 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 
1111 aa  172  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
713 aa  171  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  28.16 
 
 
1065 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  28.44 
 
 
1036 aa  165  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  32.83 
 
 
717 aa  162  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
713 aa  163  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 
1339 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
603 aa  162  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
446 aa  160  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.15 
 
 
568 aa  157  8e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127973  decreased coverage  0.00024777 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
1225 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  34.62 
 
 
1093 aa  153  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.64 
 
 
809 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  27.65 
 
 
1225 aa  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
455 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  43.02 
 
 
692 aa  150  7e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  33.53 
 
 
872 aa  150  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.29 
 
 
1084 aa  150  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
1068 aa  147  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
826 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.81 
 
 
1514 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.81 
 
 
1514 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4322  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
969 aa  143  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.39845 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
732 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  24.48 
 
 
660 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
734 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 
827 aa  142  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  45.03 
 
 
380 aa  142  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
588 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.01 
 
 
845 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  25.06 
 
 
847 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.67 
 
 
1383 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  43.98 
 
 
1152 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
589 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
589 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 
1001 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
738 aa  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  39.5 
 
 
1061 aa  138  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
588 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  32.15 
 
 
850 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
814 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.45 
 
 
1002 aa  137  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
725 aa  136  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1750  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 
660 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 
939 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 
1190 aa  135  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.61 
 
 
887 aa  135  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.67 
 
 
1165 aa  134  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
589 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.79 
 
 
688 aa  134  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3755  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.71 
 
 
1063 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 
941 aa  133  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
589 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
840 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  42.31 
 
 
1051 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
703 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0091  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.72 
 
 
930 aa  132  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00954137  normal  0.993222 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.6 
 
 
727 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
929 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.05 
 
 
732 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>