More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0950 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  100 
 
 		 334 aa  684    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  40.06 
 
 		 380 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1635  signal transduction histidine kinase  40.53 
 
 		 362 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 365 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2030  putative sensor histidine kinase  35.74 
 
 		 313 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0741  signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 356 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  48.79 
 
 		 759 aa  170  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 		 409 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 		 488 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  41.08 
 
 		 488 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  40.89 
 
 		 872 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  45 
 
 		 488 aa  159  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  46.73 
 
 		 372 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  44.93 
 
 		 840 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  42.92 
 
 		 850 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  44.33 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4826  signal transduction histidine kinase  42.71 
 
 		 553 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.788722  normal  0.27838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  46.77 
 
 		 586 aa  149  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 713 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 		 481 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  42.05 
 
 		 1191 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 		 934 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  40.31 
 
 		 929 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  38.69 
 
 		 463 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  38.69 
 
 		 463 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  40 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0615  signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 258 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  39.81 
 
 		 930 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 		 489 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  39.81 
 
 		 930 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  44.17 
 
 		 384 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 		 1016 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 		 503 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  47.06 
 
 		 1041 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  40.58 
 
 		 387 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 		 489 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  39.49 
 
 		 491 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  44.27 
 
 		 717 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  43.59 
 
 		 713 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  36.08 
 
 		 478 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  40.27 
 
 		 577 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  42.41 
 
 		 555 aa  136  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 		 352 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  39.59 
 
 		 505 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  45.1 
 
 		 897 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  40.47 
 
 		 588 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  43.37 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  43.41 
 
 		 738 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 346 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 		 488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 		 662 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 		 601 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.58 
 
 		 957 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3264  HWE histidine kinase  40.7 
 
 		 261 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 346 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 927 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.4 
 
 		 1003 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  48.12 
 
 		 695 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  50 
 
 		 695 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.58 
 
 		 727 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3714  histidine kinase  37.91 
 
 		 438 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  hitchhiker  0.000324406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  37.68 
 
 		 571 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  44.61 
 
 		 1002 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.32 
 
 		 846 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5012  putative sensory transduction histidine kinase  35.75 
 
 		 333 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235153  normal  0.174809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  48.74 
 
 		 727 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1153  signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 		 275 aa  126  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.614752  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 		 1190 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 		 1027 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2160  signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 263 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.31354  normal  0.0264622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2176  putative signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 411 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  35.6 
 
 		 842 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.4 
 
 		 1370 aa  125  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3338  hypothetical protein  29.59 
 
 		 333 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal  0.18159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  45.1 
 
 		 1001 aa  125  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  43.13 
 
 		 901 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1483  signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 550 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 500 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 		 677 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  33.99 
 
 		 822 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  36.68 
 
 		 844 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 550 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  34.88 
 
 		 852 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  46.72 
 
 		 1065 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 		 639 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.63 
 
 		 944 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 		 465 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.72 
 
 		 1065 aa  123  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  48.74 
 
 		 727 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  38.04 
 
 		 733 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 725 aa  123  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5756  signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 559 aa  122  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>