More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5756 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5756  signal transduction histidine kinase  100 
 
 
347 aa  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170851  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5593  two component sensor kinase  55.22 
 
 
352 aa  373  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5729  signal transduction histidine kinase  54.44 
 
 
352 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
346 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
344 aa  150  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
346 aa  149  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 
555 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  42.45 
 
 
372 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  38.65 
 
 
583 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  38.65 
 
 
583 aa  143  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  38.16 
 
 
583 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  40.19 
 
 
662 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 
601 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
929 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
759 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  38.71 
 
 
478 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
336 aa  136  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 
1190 aa  135  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  34.95 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
934 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  31.76 
 
 
930 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  38.14 
 
 
847 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
336 aa  132  9e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  38.14 
 
 
847 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
488 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
930 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 
488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  39 
 
 
872 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  38.42 
 
 
488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
725 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1377  putative sensor histidine kinase  34.85 
 
 
561 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.351027  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  35.41 
 
 
571 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
840 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 
571 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
465 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  39.6 
 
 
1160 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 
577 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0218  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
867 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 
380 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
850 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
336 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  37.09 
 
 
852 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
489 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
713 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.27 
 
 
844 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  38.42 
 
 
1170 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  38.57 
 
 
717 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 
713 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 
586 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  37.93 
 
 
1170 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
1167 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
339 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  35.75 
 
 
1191 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
907 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  41.48 
 
 
846 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  36.45 
 
 
1165 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
384 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
575 aa  123  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  36.84 
 
 
334 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  37 
 
 
304 aa  122  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  38.19 
 
 
703 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  34.25 
 
 
844 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5005  signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.81 
 
 
847 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 
503 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
356 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  37.57 
 
 
364 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  36.27 
 
 
499 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 
488 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0615  signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
258 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1483  signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 
677 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  37.32 
 
 
460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  37.44 
 
 
505 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
338 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 
387 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4618  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
454 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723174  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
631 aa  120  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
500 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 
582 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  35.21 
 
 
500 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
559 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  34.17 
 
 
728 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  38.83 
 
 
588 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3364  signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 
550 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308249  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 
481 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2764  HWE histidine kinase  34.31 
 
 
234 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 
728 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2991  signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.888175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
1061 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1390  signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38029 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3313  hypothetical protein  35.89 
 
 
480 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.29262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  38.22 
 
 
842 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
409 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
500 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
482 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3666  signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 
550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123232  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7977  signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
1039 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1153  signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
275 aa  116  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.614752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>