More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1422 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1422  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
503 aa  972    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.324209  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  76.1 
 
 
514 aa  590  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1193  RNA binding S1 domain protein  56.81 
 
 
500 aa  388  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000667111  hitchhiker  0.00401101 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3095  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.71 
 
 
501 aa  384  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000127417  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  35.18 
 
 
598 aa  168  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  37.36 
 
 
539 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  36.5 
 
 
504 aa  159  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
557 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  36.65 
 
 
504 aa  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  36.56 
 
 
587 aa  152  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  34.97 
 
 
720 aa  150  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  36.33 
 
 
553 aa  150  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.54 
 
 
661 aa  150  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 
584 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  35.59 
 
 
551 aa  147  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  36.06 
 
 
566 aa  148  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  35.59 
 
 
555 aa  147  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
558 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
558 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
558 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  37.5 
 
 
396 aa  147  5e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 
558 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  37.01 
 
 
557 aa  147  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  35.94 
 
 
559 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  35.94 
 
 
559 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 
584 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 
584 aa  146  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  34.19 
 
 
577 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  32.18 
 
 
619 aa  146  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
592 aa  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  36.22 
 
 
609 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  35.64 
 
 
563 aa  144  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 
589 aa  144  4e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  35.64 
 
 
563 aa  144  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  35.58 
 
 
566 aa  144  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.61 
 
 
596 aa  144  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  34.47 
 
 
597 aa  144  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  35.41 
 
 
568 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 
573 aa  143  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  35.41 
 
 
568 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  35.41 
 
 
568 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  35.59 
 
 
561 aa  143  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  34.17 
 
 
570 aa  143  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  41.81 
 
 
408 aa  143  9e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
591 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  34.2 
 
 
574 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
586 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
560 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  34.55 
 
 
678 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
547 aa  142  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 
556 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  32.89 
 
 
562 aa  142  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  36.5 
 
 
400 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 
577 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 
593 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  36.65 
 
 
556 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  37.4 
 
 
574 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.65 
 
 
556 aa  141  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  36.19 
 
 
560 aa  141  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 
578 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
563 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.31 
 
 
403 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  34.91 
 
 
559 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.06 
 
 
694 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.96 
 
 
411 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0481  30S ribosomal protein S1  33.85 
 
 
557 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  34.66 
 
 
604 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  34.2 
 
 
588 aa  140  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.04 
 
 
556 aa  140  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1567  30S ribosomal protein S1  34.36 
 
 
558 aa  140  6e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.449646  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  36.8 
 
 
570 aa  140  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  35.23 
 
 
563 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
563 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  34.16 
 
 
555 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
559 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 
560 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  34.09 
 
 
592 aa  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 
575 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  36.75 
 
 
387 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  36.06 
 
 
571 aa  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
557 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  32.86 
 
 
586 aa  139  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
557 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  36.93 
 
 
558 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  34.52 
 
 
555 aa  138  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
557 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
557 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  35.32 
 
 
571 aa  139  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>