More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cagg_1437 on replicon NC_011831
Organism: Chloroflexus aggregans DSM 9485



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
400 aa  804    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  77.6 
 
 
403 aa  583  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  78.55 
 
 
411 aa  579  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  72.47 
 
 
415 aa  513  1e-144  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1350  RNA binding S1 domain protein  54.75 
 
 
431 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  47.25 
 
 
397 aa  334  1e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.63 
 
 
393 aa  327  3e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.44 
 
 
388 aa  322  5e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.55 
 
 
397 aa  318  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  42.25 
 
 
491 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  41.92 
 
 
495 aa  310  4e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  44.41 
 
 
492 aa  309  5e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  43.32 
 
 
495 aa  308  6.999999999999999e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  43.21 
 
 
490 aa  308  8e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  44.38 
 
 
480 aa  308  9e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  43.89 
 
 
487 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  42.7 
 
 
487 aa  305  8.000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  43.21 
 
 
500 aa  305  8.000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 
493 aa  305  1.0000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  42.7 
 
 
479 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  42.7 
 
 
479 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  42.7 
 
 
479 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  41.07 
 
 
493 aa  304  2.0000000000000002e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  43.21 
 
 
488 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  41.69 
 
 
515 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  43.54 
 
 
492 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  42.94 
 
 
496 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  42.7 
 
 
481 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  43.58 
 
 
499 aa  303  4.0000000000000003e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  42.18 
 
 
490 aa  303  5.000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
481 aa  302  6.000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
481 aa  302  6.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  43.02 
 
 
493 aa  302  7.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  43.23 
 
 
403 aa  301  1e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
488 aa  300  2e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  42.46 
 
 
492 aa  300  4e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  41.01 
 
 
500 aa  299  5e-80  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  42.35 
 
 
485 aa  298  1e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  43.82 
 
 
485 aa  298  1e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  43.54 
 
 
496 aa  298  1e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.6 
 
 
672 aa  297  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  42.86 
 
 
405 aa  297  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  42.07 
 
 
418 aa  296  3e-79  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  46.2 
 
 
677 aa  296  3e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  42.19 
 
 
529 aa  295  7e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  41.84 
 
 
488 aa  295  8e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  41.58 
 
 
427 aa  295  1e-78  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  41.83 
 
 
491 aa  293  3e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  40.9 
 
 
485 aa  293  4e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  41.83 
 
 
491 aa  293  4e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  42.11 
 
 
598 aa  289  5.0000000000000004e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  43.54 
 
 
493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  43.17 
 
 
493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 
505 aa  284  2.0000000000000002e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  42.86 
 
 
407 aa  283  5.000000000000001e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.23 
 
 
676 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.41 
 
 
654 aa  273  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.97 
 
 
661 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  42.16 
 
 
507 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  41.39 
 
 
558 aa  271  1e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
587 aa  268  1e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  38.4 
 
 
565 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  39.83 
 
 
566 aa  266  4e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.3 
 
 
736 aa  266  5e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  41.24 
 
 
678 aa  266  5.999999999999999e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  37.75 
 
 
569 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  39.19 
 
 
569 aa  264  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
570 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  39.19 
 
 
569 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  38.68 
 
 
565 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  39.14 
 
 
596 aa  262  8.999999999999999e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  38.68 
 
 
565 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
570 aa  261  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  38.9 
 
 
569 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  38.11 
 
 
567 aa  261  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  38.4 
 
 
565 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  38.87 
 
 
566 aa  260  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  42.09 
 
 
416 aa  259  4e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 
566 aa  259  6e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 
566 aa  259  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 
569 aa  259  8e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  37.82 
 
 
566 aa  258  9e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 
570 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  38.4 
 
 
569 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 
570 aa  258  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 
387 aa  257  3e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  37.54 
 
 
577 aa  257  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  38.78 
 
 
557 aa  256  4e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.91 
 
 
672 aa  256  6e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  36.17 
 
 
686 aa  256  7e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  38.25 
 
 
584 aa  255  7e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.98 
 
 
584 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.9 
 
 
584 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  42.73 
 
 
411 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 
566 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  38.1 
 
 
573 aa  254  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.65 
 
 
705 aa  254  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  41.35 
 
 
387 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  37.82 
 
 
568 aa  253  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.81 
 
 
687 aa  253  5.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>